广义加法模型 data.frame.default 错误：尝试应用非功能答案

【问题标题】：Generalized additive model data.frame.default error: attempting to apply nonfunction广义加法模型 data.frame.default 错误：尝试应用非功能
【发布时间】：2016-07-15 16:55:58
【问题描述】：

我正在尝试使用 mgcv 包运行一般附加模型，但我不断收到 model.frame.default 错误：

Error in model.frame.default(formula = Presence ~ Sex + wind_speed + baro +  : 
attempt to apply non-function

这是我正在使用的代码（由于数据集的大小，我使用“bam()”）：

stormGAM <- bam(Presence~Sex+wind_speed+s(wind_direc)+baro+s(SST_C)+as.factor(daynight), 
            data=PJstorm_alldata, family=binomial, na.action=TRUE)

这是数据的样子：

'data.frame':   31795 obs. of  25 variables:
 $ Con_hour        : num  20127330 20127340 20127350 20127360 20127370 ...
 $ Year            : int  2012 2012 2012 2012 2012 2012 2012 2012 2012 2012 ...
 $ Month           : int  7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 ...
 $ Day             : int  3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ...
 $ Hour            : int  3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 ...
 $ Timestamp       : POSIXct, format: "2012-07-03 03:00:00" "2012-07-03 04:00:00" "2012-07-03 05:00:00" ...
 $ Date            : Date, format: "2012-07-03" "2012-07-03" "2012-07-03" ...
 $ Region          : Factor w/ 1 level "Jervis Bay": 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Station         : Factor w/ 17 levels "JB1","JB10","JB11",..: 12 12 12 NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ ReceiverID      : Factor w/ 37 levels "VR2W-100736",..: 5 5 5 NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ TagID           : Factor w/ 54 levels "A69-1303-32577",..: 43 43 43 NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ Sex             : Factor w/ 2 levels "Female","Male": 1 1 1 NA NA NA NA NA NA NA ...
 $ wind_speed      : num  11 11 10 12 11 11 14 15 20 24 ...
 $ wind_direc      : num  277 282 278 272 252 269 256 244 220 207 ...
 $ sea_level_baro   : num  1018 1018 1018 1019 1019 ...
 $ baro            : num  1018 1018 1018 1019 1019 ...
 $ max_wind        : num  17 13 13 17 17 21 22 24 33 41 ...
 $ SST_C           : num  17.4 17.4 17.4 17.4 17.4 ...
 $ Presence        : int  1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ gbirowsums      : int  1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Total_tagged    : int  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Prop_Present    : num  1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ sunrise         : POSIXct, format: "2012-07-03 07:05:34" "2012-07-03 07:05:34" "2012-07-03 07:05:34" ...
 $ sunset          : POSIXct, format: "2012-07-03 16:57:00" "2012-07-03 16:57:00" "2012-07-03 16:57:00" ...
 $ daynight        : chr  "night" "night" "night" "night" ...

我似乎没有发现我的公式有任何明显的错误。我已检查以确保没有列长度不匹配的错误，并且我没有看到任何丢失的括号、逗号或 + 号。我将我的代码与一些使用 mgcv 包的同事进行了比较，但我无法找出问题所在。有什么建议吗？

感谢您的帮助。

【问题讨论】：

标签： r gam mgcv

【解决方案1】：

问题是这样的

na.action = TRUE

na.action 需要一个函数，而你传递给它一个逻辑，（来自?bam）

na.action: 一个函数，它指示当数据发生时应该发生什么包含NAs。默认由na.action 设置 options，如果未设置，则为 na.fail。这 factory-fresh 默认是na.omit。

基本上，在model.frame() 中，您基本上是在要求 R 进行评估

TRUE(df)

正确地引发错误，因为 TRUE 还不是一个函数，但被称为一个函数。

如果您想省略带有NAs 的行而不是在它们出现时失败，请使用

na.action = na.omit

【讨论】：

如果model.frame 捕捉到这个用户错误并提供更多信息的错误消息可能会很好。
@Roland 是的；我有学生犯过同样的错误。但是，如果在调用 TRUE(1) 时抛出的错误实际上包括调用或用户试图作为函数调用的内容，那么也许最好。
@GavinSimpson 错误消息让我看到了命令的完全不同的部分。谢谢您的帮助。这解决了问题。