计算邻域中有多少个顶点具有给定属性，并在 igraph 中为 R 提供边权重

【问题标题】：Counting how many vertices in a neighbourhood have a given attribute with edge weights in igraph for R计算邻域中有多少个顶点具有给定属性，并在 igraph 中为 R 提供边权重
【发布时间】：2014-04-19 03:28:42
【问题描述】：

这与此question 有关。我有一个非常大的图，igraph 中大约有 100,000 个顶点。每个顶点都有一个属性att，它是一个逻辑值。边缘使用正整数权重进行加权。对于每个顶点 v，我想将连接 v 到 att=T 的顶点的边的边权重相加。

我们可以使用下面的例子

set.seed(42)
g <- erdos.renyi.game(169081, 178058, type="gnm")
V(g)$att <- as.logical(rbinom(vcount(g), 1, 0.5))

【问题讨论】：

标签： r igraph

【解决方案1】：

这是一种获取每个顶点v, 的相邻顶点与att=T 的边权重之和的方法。 Gabor 可能有一种更优雅的方式，速度更快。

library(igraph)
set.seed(42)
g <- erdos.renyi.game(169081, 178058, type="gnm")
V(g)$att <- as.logical(rbinom(vcount(g), 1, 0.5))
E(g)$weight <- sample(10, ecount(g), replace=TRUE) #integer weights

sumEdgeWeightsOfEdgesFromVertexV<- function(v){
  totwt <- 0
  #get all neighbors of vertex v
  all_neighbors_of_v <- V(g)[nei(v)]
  #subset to those with att to be TRUE
  att_nei <- as.vector(all_neighbors_of_v[all_neighbors_of_v$att==TRUE])
  #sum all the weights, edge by edge
  for( ver in att_nei) {
    totwt <- totwt + E(g, c(v,ver))$weight
  }
  totwt
}  

# sapply(V(g), sumEdgeWeightsOfEdgesFromVertexV)

【讨论】：