将相关矩阵转换为 R 中的 Pajek 输入文件答案

【问题标题】：Convert a correlation matrix to a Pajek input file in R将相关矩阵转换为 R 中的 Pajek 输入文件
【发布时间】：2011-09-20 02:20:48
【问题描述】：

我需要将相关矩阵转换为Pajek 输入文件以进行网络分析。更具体地说，我正在尝试使用 R 将相关 p 值矩阵转换为显着相关性的“行名列名”列表。这是相当多变量之间每个显着相关性的列表。如果我有变量 a,b,c,d 和 a,c; b,d 和 a,d 是相关的，我想要一个如下列表：

a b;
b d;
a d

到目前为止，我的 R 技能不足使我能够生成相关 p 值矩阵，在对角线上和下方插入 NA（以避免无意义和重复的相关），并用 FALSE/TRUE 替换 p 值，如果p 值不显着/显着。但现在我被困住了，无法通过谷歌搜索。

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

这是一个可能有助于了解一些基础知识的示例：

#Create a matrix
m <- matrix(1:16,4,4)
rownames(m) <- letters[1:4]
colnames(m) <- letters[1:4]
m
  a b  c  d
a 1 5  9 13
b 2 6 10 14
c 3 7 11 15
d 4 8 12 16

#Identify the indices for entries in m
# that are greater than 10 
m1 <- which(m > 10, arr.ind = TRUE)

#Row and column names of those entries
# greater than 10. Notice the use of subsetting
# via [. 
cbind(rownames(m)[m1[,1]],colnames(m)[m1[,2]])
     [,1] [,2]
[1,] "c"  "c" 
[2,] "d"  "c" 
[3,] "a"  "d" 
[4,] "b"  "d" 
[5,] "c"  "d" 
[6,] "d"  "d"

与 R 中的任何东西一样，有很多方法可以做这样的事情，但这应该会给你一些有用的工具来使用。

【讨论】：