用 r 迭代 grep

Question

好的，谢谢你，我会重新开始这个问题：

这是我的 df

df = read.table(text = '    replicate    size   fh
ms03a_T0_r1  397.51 1099
ms03a_T0_r1  695.46    8
ms03a_T0_r1  708.76 1409
ms03a_T0_r1 1203.98  102
ms03a_T0_r2  397.52  749
ms03a_T0_r2  493.97   23
ms03a_T0_r2  538.43   12
ms03a_T0_r3  397.49  638
ms03a_T0_r3  399.84    9
ms03a_T0_r3  404.95   33
ms03a_T0_r3  406.85   40 ', header = T)

Rn <- as.numeric(length(levels(ol$replicate)))
# just to calculate the number of samples

据此，我希望拥有 3 个新数据集，每个数据集将仅包含具有“复制”变量的 *_r1 值的行、具有 *_r2 的行和具有 *_r3 的行。

我想用这些命令做到这一点：

for (i in 1:Rn){

  x <- df[as.character(sub('.*_r', '', as.character(replicate))) %in% i];

  outfile <- paste("rep_",i,"_edited.txt",sep="")
  write.table(x,quote=FALSE,sep=", ",outfile)
}

但我能够获得 .txt 输出，而不是 r 中的 df 对象。这样，我将不得不在 r 中再次导入它们以继续我的“脚本”的下一步，我不知道如何设置 r 以自动导入它们

Answer 1

我猜你想要这个：

df = read.table(text = '    replicate    size   fh
  ms03a_T0_r1  397.51 1099
  ms03a_T0_r1  695.46    8
  ms03a_T0_r1  708.76 1409
  ms03a_T0_r1 1203.98  102
  ms03a_T0_r2  397.52  749
  ms03a_T0_r2  493.97   23
  ms03a_T0_r2  538.43   12
  ms03a_T0_r3  397.49  638
  ms03a_T0_r3  399.84    9
 ms03a_T0_r3  404.95   33
 ms03a_T0_r3  406.85   40 ', header = T)

library(data.table)
dt = data.table(df)

special.ids = c(1,3)
dt[as.numeric(sub('.*_r', '', as.character(replicate))) %in% special.ids]
#     replicate    size   fh
#1: ms03a_T0_r1  397.51 1099
#2: ms03a_T0_r1  695.46    8
#3: ms03a_T0_r1  708.76 1409
#4: ms03a_T0_r1 1203.98  102
#5: ms03a_T0_r3  397.49  638
#6: ms03a_T0_r3  399.84    9
#7: ms03a_T0_r3  404.95   33
#8: ms03a_T0_r3  406.85   40

注意，as.character 是必需的，因为read.table 默认将字符串转换为因子。如果实际数据已经是字符串，则可能不需要它。

在二读时，也许你想要这个？

split(df, sub('.*_r', '', as.character(df$replicate)))

OP - 你需要解决你的问题。