R 中的热图（使用 heatmap() 函数）答案

【问题标题】：Heatmap in R (using the heatmap() function)R 中的热图（使用 heatmap() 函数）
【发布时间】：2015-02-11 14:40:53
【问题描述】：

我有一个相关矩阵，想要获得从冷（负相关）到红色（正相关）的热图，白色为 0 相关。

现在，即使我说“scale=none”，heatmap 命令似乎以某种方式平均，这意味着平均相关性被描绘为白色（在我的情况下，它是 0.2，这意味着所有 0 相关性都略带蓝色）。

你能帮我解决这个问题吗？谢谢

library(stats)
library(gplots)
library(RColorBrewer)
heatmap(graph.g,Colv = NA, Rowv=NA, revC=T, scale='none', 
    xlab= "IDS-C30 symptoms", main = "Heatmap of glasso associations",
    col = rev(brewer.pal(11,"RdBu")))

【问题讨论】：

标签： r heatmap

【解决方案1】：

对于相关矩阵，您还可以使用专门为此目的设计的corrplot 或corrgram 库。它们开箱即用，还具有其他绘图功能。在R Graphics Cookbook中，您可以找到examples，了解如何使用geom_tile() 或geom_raster() 函数使用ggplot2 绘制这种绘图。

library(corrplot)
library(corrgram)
library(ggplot2)
library(reshape2)

corrplot(cor(mtcars))
corrplot(cor(mtcars), method="color")
corrgram(cor(mtcars))
corrgram(cor(mtcars), lower.panel=panel.shade,
         upper.panel=panel.pie)

p <- ggplot(melt(cor(mtcars)), aes(x=Var1, y=Var2, fill=value))
p + geom_tile() + scale_fill_gradient2(midpoint=0, limits=c(-1, 1))

【讨论】：

【解决方案2】：

这不是一个优雅的解决方案，但它似乎可以完成工作。要点是将频谱限制为相关矩阵所取的值，并使其更平滑，调色板从brewer.pal 提供的 11 值最大值延伸（使用奇数重复，使中位数保持整数)。

vec <- rep(rev(brewer.pal(11,"RdBu")), each = 101)  # stretched palette
med <- (length(vec) + 1) / 2  # middle of palette
rad <- length(vec) - med  # radius of palette
min.g <- med + min(graph.g) * rad  # lowest value taken
max.g <- med + max(graph.g) * rad  # highest value taken
heatmap(graph.g,Colv = NA, Rowv=NA, revC=T, scale='none',
    xlab= "IDS-C30 symptoms", main = "Heatmap of glasso associations",
    col = vec[min.g:max.g])  # palette restricted to realized values

【讨论】：