如何在 R 中制作具有对数刻度的密度散点图？答案

【问题标题】：How can I make a density scatterplot with log scale in R?如何在 R 中制作具有对数刻度的密度散点图？
【发布时间】：2020-10-08 02:44:05
【问题描述】：

我想在 R 中使用 log10 比例制作密度散点图。我尝试在 R 中使用 ggplot 和 stat_density2d 绘制它。我使用了以下代码：

ggplot(data=vod_agb_df, aes(vod, agb)) + 
       stat_density2d(aes(fill = ..density..), geom = "tile", contour = FALSE, n = 100) + 
       scale_fill_distiller(palette = 'YlOrRd', direction = 1) +
       scale_x_continuous(breaks=seq(0, 1, 0.25), limits = c(0, 1)) + 
       scale_y_continuous(breaks=seq(0, 300, 50), limits = c(0, 300)) + 
       labs(x='L-VOD', y='AGB(Mg/ha)') +
       theme_bw()

但结果看起来很奇怪。 the density scatterplot with my code

This is the plot I want to plot
The original scatterplot

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 scatter-plot

【解决方案1】：

你可以log10-变换密度；这是一个最小且可重复的示例

library(MASS)
library(tidyverse)

set.seed(2020)
mvrnorm(100, mu = c(0, 0), Sigma = matrix(c(1, 0.5, 0.5, 1), 2, 2)) %>%
    as_tibble() %>%
    ggplot(aes(V1, V2)) + 
    stat_density2d(
        aes(fill = log10(..density..)), geom = "tile", contour = FALSE, n = 100) + 
    scale_fill_distiller(palette = 'YlOrRd', direction = 1) + 
    theme_bw()

更新

我不清楚你的意思是什么““我想在点分布区域制作密度散点图，而不是整个区域。”“如果你是问如何增加渐变色条的高度，可以这样做

set.seed(2020)
mvrnorm(100, mu = c(0, 0), Sigma = matrix(c(1, 0.5, 0.5, 1), 2, 2)) %>%
    as_tibble() %>%
    ggplot(aes(V1, V2)) + 
    stat_density2d(
        aes(fill = log10(..density..)), geom = "tile", contour = FALSE, n = 100) + 
    scale_fill_distiller(palette = 'YlOrRd', direction = 1) + 
    theme_bw() + 
    guides(fill = guide_colorbar(barheight = unit(3.5, "in"), title.position = "right"))

【讨论】：

感谢您的回答。但似乎彩色密度图是散点的最小边界矩形。我已经在问题中发布了原始散点图。
@changkx 我不知道您所说的“最小边界矩形”是什么意思。渐变色标映射到 log10 转换的密度。我以为这就是你所追求的（你展示的情节也暗示了这一点）？或者您想对 x 和/或 y 轴上的值进行 log10 变换？
是的，log10 转换后的密度是我想要的。但是根据原始散点图（我在答案中更新了它）。我想在点分布区域制作密度散点图，而不是整个区域。
@changkx “我想在点分布区域制作密度散点图，而不是整个区域。”对不起，我真的不不明白你的意思。什么是“点分布区域”？您是否在问如何增加渐变色标的高度以匹配绘图的高度？
感谢您的详细而翔实的回复。对不起我的困惑。如“原始散点图”所示，存在近似线性关系。因此，我想将其绘制为密度散点图，就像问题中的 "sample plot" 一样。

【解决方案2】：

无论您显示为预期输出的任何图，您都可以使用以下代码

library(tidyverse)

# Bin size control + color palette
ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Petal.Length) ) +
  geom_bin2d(bins = 20) +
  scale_fill_distiller(palette = 'YlOrRd', direction = 1) +
  theme_bw() +
  theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank())

【讨论】：

我不确定这是否能回答 OP 的问题：(1) OP 想要显示 2d density 图，您正在显示 counts。 (2) OP 想log10-transform 密度；您不会对数据进行日志转换。
是的，莫里茨·埃弗斯。你说的对。如果计数可以用 log10 转换的密度代替，这就是我想要的，就像示例图一样。