【发布时间】:2016-01-29 20:50:24
【问题描述】:
我的 ggplot2 刻面图上的面板标签过宽时遇到问题。
这是我用来生成绘图的代码:
png(paste("/directory/", hgnc_symbol, "_", curr_gene, ".png", sep=""),
width=4, height=3, units="in", pointsize=1, res=300)
print({barplot <-
ggplot(curr_data, aes(x = condition, y = tpm, fill=condition)) +
geom_boxplot(outlier.colour=NA, lwd=0.2, color="grey18") +
stat_boxplot(geom ='errorbar', color="grey18") +
geom_jitter(size=0.8) +
facet_wrap(~target_id) +
guides(fill=FALSE) +
theme_bw() +
labs(title=paste(hgnc_symbol, "_", curr_gene, sep="")) +
labs(x="condition") + labs(y="TPM") +
theme(text = element_text(size=5), strip.background=element_rect(size = 1),
axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1, size=4.5))})
dev.off()
情节是这样的:
如您所见,面板标签的背景非常宽,以至于图本身几乎看不到。图表上绘制的点也比我预期的要大得多。
奇怪的是,就在几天前,我使用了同样的代码来生成下面的图(看起来不错):
造成这种差异的原因是什么,我该如何解决这个问题?
【问题讨论】:
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当您提供一些样本数据时,您可以获得更好的结果。但是,我认为问题在于 ggplot 用于绘图和标签的不同比例。你说你用完全相同的代码得到了不同的结果。我敢打赌您将图表保存在不同的维度下。尝试增加你的宽度和高度,看看你的结果是否更接近你的第二个更理想的图表。