热图聚类/树状图值/颜色答案

【问题标题】：Heatmap clustering/dendrogram values/colours热图聚类/树状图值/颜色
【发布时间】：2013-08-16 17:39:22
【问题描述】：

我创建了一个热图并使用树状图进行聚类以获得以下结果：

您在行树状图上看到的亮点基本上就是我想要区分的内容。我需要一种方法来获取这些特定行的值，或者找到一种方法来获取与这些行关联的所有行名。或者，是否可以为每条线设置特定的颜色。我也不知道有什么办法。

这样做的原因是我正在创建一个与热图相关的散点图。本质上，每一行（名称未包含在热图中）将是散点图上的一个点，并且每个突出显示的树状图簇都将在散点图上分配一个颜色。因此，散点图上将有 6 种颜色属于与每个集群关联的行。

其他人在做什么的一些例子如下：

这不是为树状图着色，而是添加了一个条形

这会将颜色添加到树状图本身

目前，我正在制作这样的热图：

hm <- heatmap.2(percentMatrix, scale="none",
cexRow=0.75, cexCol=1.0, key=TRUE, keysize=1.5,
margins=c(10,22),
trace="none")

我将不胜感激。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

看来经过多次修补，我已经设法弄明白了。我可以简单地打印 hm 来获取地毯，然后解析出订单。我已经使用 cutree 在热图中添加了一个 rowcolorbar。

【讨论】：

【解决方案2】：

您应该使用“heatmap.2”和“annHeatmap2”查看这些示例。在两页中都描述了您想要的漂亮示例。

问候，亚历克斯

【讨论】：