R（包装过热） - 向树状图中添加颜色（或矩形）答案

【问题标题】：R (package superheat) - adding color (or rectangles) to the dendrogramsR（包装过热） - 向树状图中添加颜色（或矩形）
【发布时间】：2020-11-19 23:46:12
【问题描述】：

最小示例和包文档 (https://rlbarter.github.io/superheat/)：

library(superheat)
superheat(mtcars,
          # scale the matrix columns
          scale = TRUE,
          left.label = "none",
          # add row dendrogram
          col.dendrogram = TRUE, 
          legend=F,
          )

我想实现两件事：

根据簇的颜色分支（我必须确定 k 个簇）或在“选择的”簇顶部添加矩形。
我还热衷于提取相同的树状图并将其应用于不同的数据集（具有相同的变量）。

我相信树状图是使用 ggdendro 创建的（如果有帮助的话）。

因此，这些是我想要实现的示例：

【问题讨论】：

标签： r heatmap dendrogram grob ggdendro

【解决方案1】：

ggdendro 包不支持分支颜色，一般不再支持。它被 dendextend 包（包括 ggdend 对象，它支持分支颜色、lwd 和 lty）取代。您可以使用 dendextend 准备您的树状图，并将它们输入到 gplots 中的 heatmap.2 函数中。或者，您可以查看 heatmaply 包。

祝你好运。

【讨论】：