识别曼哈顿图中点的 x,y 坐标

Question

我想确定曼哈顿图中特定点的x 和y 位置。

library(qqman)
manhattan(gwasResults)

使用head(gwasResults)，您将获得：

  SNP CHR BP         P
1 rs1   1  1 0.9148060
2 rs2   1  2 0.9370754
3 rs3   1  3 0.2861395
4 rs4   1  4 0.8304476
5 rs5   1  5 0.6417455
6 rs6   1  6 0.5190959

我想知道绘图中的x 和y 坐标，它对应于gwasResults 中的行== 6 处的点。

知道如何将此 inf 提取为一个对象吗？

Answer 1

要突出显示图上的点，请使用带有 SNP 值的 highlight。例如：

manhattan(gwasResults, highlight = "rs6")

您可以看到图片中的绿点（第 1 章，左侧）。

第6行的y坐标是

-log10(gwasResults[6, "P"])

(= 0.2847524)

x坐标取决于CHR，BP定义染色体内的位置。