用 R 和聚类绘制热图

Question

大家好，我正在尝试绘制热图想要聚类，情节和情节看起来不太好想要改变颜色我是新手谁能告诉我如何绘制具有相似模式的聚类值的热图聚集在一起 我的数据data_link

我尝试的只是尝试记录规范化数据并绘制图表

library(ggplot2)
library(reshape2)

mydata=read.table("Test_data", sep="\t", header=TRUE)
melted_cormat <- melt(mydata)
head(melted_cormat)
melted_cormat$new=log2(1+melted_cormat$value)
ggplot(data = melted_cormat, aes(x=variable, y=ID, fill=new)) + 
  geom_tile()

是否可以像下面一样增加每个值单元格的大小 image

请给我建议 谢谢

Answer 1

您可以根据这些数据制作热图，但我认为这不是将这么多数据可视化的好方法。 mydata 中有 287 行，这意味着您的绘图中有 287 行。这将使各个行难以辨认，并且无法标记 y 轴。

另一个问题是大约 99% 的值低于 1000，但最高值几乎是 6000。这意味着填充的缩放将非常不均匀。在较低的范围内很难看到很多细节。

如果您想查看聚类，可以使用pheatmap 而不是ggplot2，我可能会在填充比例上进行对数转换以更好地显示细节。但是，在单个图上仅包含过多数据的问题仍然存在。

mymatrix <- log(as.matrix(mydata[,-1]))
mymatrix[mymatrix < 0] <- 0
pheatmap::pheatmap(mymatrix)

---

编辑

如果你只绘制了前 10 行数据，你可以看到这更像是一张热图：

pheatmap(as.matrix(mydata[1:10,-1]))

或前 30 行：

pheatmap(as.matrix(mydata[1:30,-1]))