在 R 中聚类后绘制数据的热图

【问题标题】：plot heatmap of data after clustering in R在 R 中聚类后绘制数据的热图
【发布时间】：2013-11-25 11:11:45
【问题描述】：

我正在尝试在聚类后创建矩阵的热图。

heatmap(r.matrix, 
        distfun = dist(r.matrix, method="euclidean"), 
        hclustfun = hclust(dist(r.matrix, method="euclidean"), method ="ward"))

我在热图的帮助信息之后使用了上述命令，但返回以下错误信息：

Error in heatmap(r.matrix, distfun = dist(r.matrix, method = "euclidean"),  :
                 could not find function "hclustfun"

如何进行聚类，绘制聚类数据的热图，同时保留树状图？我可能没有很好地理解参数列表中的函数。

【问题讨论】：

标签： r heatmap hierarchical-clustering

【解决方案1】：

distfun 和 hclustfun 参数应该是函数。您正在传递这些函数的 results，并且由于结果本身不是函数，因此会引发错误。例如，您知道apply 想要一个函数作为其第三个参数吗？然后它自己调用那个函数？ heatmap也是一样的。

试试这个：

heatmap(r.matrix, distfun=dist, hclustfun=function(d) hclust(d, method="ward"))

实际上，由于dist 是默认参数（参见?heatmap），您可以在函数调用中省略distfun。您必须为hclust 创建匿名函数的唯一原因是默认方法不是“ward”。

heatmap(r.matrix, hclustfun=function(d) hclust(d, method="ward"))

【讨论】：