使用自定义预定义颜色的热图（d3heatmap？）答案

【问题标题】：Heatmap using custom predefined colours (d3heatmap?)使用自定义预定义颜色的热图（d3heatmap？）
【发布时间】：2017-02-16 23:34:02
【问题描述】：

我有兴趣以热图样式呈现医院指标。我使用的是闪亮的，所以我喜欢交互式 d3heatmap()-plots 的外观和感觉（但我愿意接受其他选择）。

例如，假设我有 4 家医院和 5 个指标。我想绘制每个医院在每个指标上的得分，但是，着色不应取决于指标的实际值，而应取决于单独进行的统计测试（80% 的值可能表示 4/5，但也可能表示 800/ 1000，这在估计的精度方面有很大的不同），它有以下分组：

高于平均水平
与平均值没有差异
低于平均水平

示例数据（注意实际数字没有意义）：

df <- data.frame(Hospital=rep(LETTERS[10:13], each=5), 
                 Indicator=rep(LETTERS[1:5], 4), 
                 Value=sample(1:10, 20, replace=T), 
                 Conclusion=sample(c("above", "not different", "below"), 20, replace=T))
df$colour[df$Conclusion == "above"] <- "green"
df$colour[df$Conclusion == "not different"] <- "grey"
df$colour[df$Conclusion == "below"] <- "red"
df

做一个d3heatmap 我明白了：

d1 <- dcast(df, Hospital ~ Indicator, value.var = "Value")
row.names(d1) <- paste0("hosp",d1[[1]])
d3heatmap(d1[-1], dendrogram = "none")

（截图）当我将鼠标悬停在它上面时，我得到了我感兴趣的指标的实际分数。但是，着色现在基于指标的实际分数，而不是基于我的数据框中的颜色。

如何使用示例数据框中的颜色，同时保留将鼠标悬停在绘图上时可视化指标值的选项？

【问题讨论】：

标签： r shiny d3heatmap

【解决方案1】：

您可以简单地使用数字编码颜色，然后使用 colors 参数传递颜色进行解码：

df$colour[df$Conclusion == "above"] <- 1         #green
df$colour[df$Conclusion == "not different"] <- 2 #grey
df$colour[df$Conclusion == "below"] <- 3         #red

d1 <- dcast(df, Hospital ~ Indicator, value.var = "colour")

d3heatmap(d1[-1], dendrogram = "none", colors=c("green", "grey","red"))

【讨论】：

解决了颜色问题！那太棒了。但是有没有办法保持指标的实际值 (df$Value) 以便在将鼠标悬停在它上面时显示？
我刚刚看到了cellnote的使用......！您可以参考不同的矩阵来获取实际值！所以沿着：d3heatmap(d2[-1], dendrogram = "none", colors=c("blue", "grey","red"), cellnote = d1[-1])。我会在我的编辑中添加这个

【解决方案2】：

感谢休伯特！我扩展它以获得确切的答案：

# Cast to get the matric with the values to display when hovering
d1 <- dcast(df, Hospital ~ Indicator, value.var = "Value")
row.names(d1) <- paste0("hosp",d1[[1]])


# Cast to get the matrix with the colours to display
df$colour[df$Conclusion == "above"] <- 1         #green
df$colour[df$Conclusion == "not different"] <- 2 #grey
df$colour[df$Conclusion == "below"] <- 3         #red
df$colour <- as.numeric(df$colour)
d2 <- dcast(df, Hospital ~ Indicator, value.var = "colour")


# Plot heatmap using colours, and refer to the value-matrix in the 'cellnote'
d3heatmap(d2[-1], dendrogram = "none", colors=c("blue", "grey","red"), cellnote = d1[-1])

附加问题：当（在我的情况下）指标名称很长时，有人知道如何扩大边距吗？？？

【讨论】：