R Markdown：无法访问通过 Conda/Anaconda 安装的 Bash 命令

Question

我正在探索一些生物信息学数据，并且我喜欢尽可能使用 R 笔记本（即 Rmarkdown）。现在，我需要使用命令行工具来分析 VCF 文件，我想通过 Rmarkdown 笔记本中的 Bash 代码块来分析。

问题是我要使用的命令与conda 一起安装到我的 conda 环境中。该工具是bcftools。当我尝试访问此命令时，我收到此错误（代码块已注释掉以显示 rmarkdown 代码块格式）：

#```{bash}
bcftools view -H test.vcf.gz
#```

/var/folders/9l/phf62p1s0cxgnzp4hgl7hy8h0000gn/T/RtmplzEvEh/chunk-code-6869322acde0.txt: line 3: bcftools: command not found

如果我从终端运行，我会得到输出（使用名为“binfo”的 conda 环境）：

> bcftools view -H test.vcf.gz | head -n 3
chr10   78484538    .   A   C   .   PASS    DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024109    GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:34:33:0:0%:0,33,0,0   0/1:.:23:19:4:17.39%:1,18,0,4
chr12   4333138 .   G   T   .   PASS    DP=119;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034921   GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:72:71:1:1.39%:71,0,1,0    0/1:.:47:42:5:10.64%:42,0,5,0
chr15   75086860    .   C   T   .   PASS    DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013095    GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:15:15:0:0%:4,11,0,0   0/1:.:13:8:5:38.46%:5,3,1,4
(binfo)

那么，如何从 R 笔记本/Rmarkdown bash 代码块访问使用 conda/在我的 conda env 中安装的工具？我搜索了很长时间，找不到任何人谈论在 Rmarkdown 的 shell 块中运行 conda 命令。任何帮助将不胜感激，因为我喜欢用于探索性分析的 R 笔记本格式。

Answer 1

向引擎传递参数

如果您的 Conda 是 properly configured to work in bash，那么您可以使用 engine.opts 告诉 bash 以登录模式启动（即，获取您的 .bash_profile (Mac) 或 .bashrc (Linux)）：

重击

```{bash engine.opts='-l'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```

zsh

如果使用 zsh（例如，Mac OS 10.15 Catalina 用户），那么交互式标志 --interactive|-i 就是您想要的（图片来源：@Leo）。

```{zsh engine.opts='-i'}
bcftools view -H test.vcf.gz
```

再次，这假定您之前运行过 conda init zsh 来设置 Conda 以使用 shell。

关于再现性的说明

由于可重复性通常是科学工作中的一个问题，我要补充一点，您可能想要做一些事情来捕捉您的 Conda 环境的状态。例如，如果您在版本控制中工作，则提交 conda env export > environment.yaml。另一种选择是直接在 Rmd 的末尾输出该信息，就像通常使用 sessionInfo() 所做的那样。也就是说，

```{bash engine.opts='-l', comment=NA}
conda env export
```

comment=NA 所在的位置，以便可以从渲染版本中干净地复制输出。

Answer 2

bash 的快速解决方案：将以下初始化脚本添加到您的 Bash 脚本中。

eval "$(command conda 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"

# you may need to activate the "base" environment explicitly
conda activate base

详情

当您打开终端时，会生成一个交互式 shell。但是您的脚本在非交互式外壳中运行。 Bash 配置文件~/.bashrc 不会用于脚本，它会跳过conda 初始化，并且您的“基础”环境不会暴露在PATH 中。

参考文献

• Python - Activate conda env through shell script