重塑矩阵 - 一列中的多列

Question

我有一个如下所示的矩阵：

SNP     G1      G2      G3
marker1 TT      CC      TT
marker2 AA      AA      AA
marker3 TT      TT      TT 

我希望它看起来像这样：

SNP     
>marker1    TT  G1
>marker2    AA  G1
>marker3    TT  G1
>marker1    CC  G2
>marker2    AA  G2
>marker3    TT  G2
>marker1    TT  G3
>marker2    AA  G3
>marker3    TT  G3

我正在使用这个：

        bsp2<- read.table("C:/R/bsp2.csv", header=TRUE) 

       reshape(as.data.frame(bsp2), direction="long", varying = list(colnames(bsp2)
       [2:6]), v.names="G", idvar="SNP")

但我收到错误消息“选择了未定义的列”。 谁能告诉我我做错了什么？

Answer 1

使用 reshape2 中的melt 会更容易：

dat <- read.table(text = "SNP     G1      G2      G3
marker1 TT      CC      TT
marker2 AA      AA      AA
marker3 TT      TT      TT",header = T,sep = "")

require(reshape2)
melt(dat,id.var = "SNP")

      SNP variable value
1 marker1       G1    TT
2 marker2       G1    AA
3 marker3       G1    TT
4 marker1       G2    CC
5 marker2       G2    AA
6 marker3       G2    TT
7 marker1       G3    TT
8 marker2       G3    AA
9 marker3       G3    TT

Answer 2

虽然 joran 是正确的，但它在底座上进行了重塑，可能会更容易。

bsp2 <- read.table(text="SNP     G1      G2      G3
marker1 TT      CC      TT
marker2 AA      AA      AA
marker3 TT      TT      TT ", header=TRUE)

bsp2.long <- reshape(bsp2, direction="long", varying = 2:4, v.names="G", 
    timevar="TIME", times=paste0("G", 1:3), idvar="SNP")

rownames(bsp2.long) <- seq_len(nrow(bsp2.long))
bsp2.long

产量：

      SNP TIME  G
1 marker1   G1 TT
2 marker2   G1 AA
3 marker3   G1 TT
4 marker1   G2 CC
5 marker2   G2 AA
6 marker3   G2 TT
7 marker1   G3 TT
8 marker2   G3 AA
9 marker3   G3 TT

请注意，您需要 R 2,15 才能正常工作，因为我使用了 paste0。如果您没有 R2.15 并且不想安装它，请将该参数替换为 times=c("G1", "G2", "G3")。此外，我称之为 TIME 的名称也不是必需的，因为 R 会称之为 time，但我这样做是为了表明您可以使用 reshape 控制该名称。