对未组合在列表中的多个 df 应用函数

Question

我知道 apply/map 可以在数据框列表上运行函数，但我的问题是该函数使用数据框的名称来创建 col 名称，并且在 dfs 列表上使用它不起作用.有没有一种方法可以在多个 DF 上自动运行该函数而不将它们组合在一个列表中？

或者，我也可以更改函数，使其从列表对象中获取名称，但到目前为止我也失败了。

也许有人有解决方案？ 非常感谢！

示例数据

p.vals <- seq(from=0, to=1, by=.0001)
logFCs <- seq(from=0, to=4, by=.1)
diffEx_proteins <- data.frame(protein=LETTERS[1:1000],
                      adj.P.Val=sample(p.vals, size=1000, replace=TRUE),
                      logFC=sample(logFCs, size=1000, replace=TRUE))

diffEx_proteins_2 <- data.frame(protein=LETTERS[1:1000],
                      adj.P.Val=sample(p.vals, size=1000, replace=TRUE),
                      logFC=sample(logFCs, size=1000, replace=TRUE))

list <- list(group1 = diffEx_proteins, group2 = diffEx_proteins_2)

功能

mark_significants_p.05and.001_fc1 <- function(comparison){
dat <- comparison
name <- deparse(substitute(comparison))
dat[,paste(name,"up_0.05", sep = "_")] <- dat$adj.P.Val <= 0.05 & dat$logFC >= 1
dat[,paste(name,"down_0.05", sep = "_")] <- dat$adj.P.Val <= 0.05 & dat$logFC <= -1
dat[,paste(name,"up_0.001", sep = "_")] <- dat$adj.P.Val <= 0.001 & dat$logFC >= 1
dat[,paste(name,"down_0.001", sep = "_")] <- dat$adj.P.Val <= 0.001 & dat$logFC <= -1
dat[,paste(name,"reg_0.05", sep = "_")] <- dat$adj.P.Val <= 0.05 & abs(dat$logFC) >= 1
dat[,paste(name,"reg_0.001", sep = "_")] <- dat$adj.P.Val <= 0.001 & abs(dat$logFC) >= 1
return(dat)
}

map(list, mark_significants_p.05and.001_fc1) 导致名称以 [[1]] 开头的列，但我想在其中包含 df 名称。

谢谢！ 塞巴斯蒂安

Answer 1

您可以使用imap 传递列表及其名称

mark_significants_p.05and.001_fc1 <- function(comparison, name){
    dat <- comparison
    dat[,paste(name,"up_0.05", sep = "_")] <- dat$adj.P.Val <= 0.05 & dat$logFC >= 1
    dat[,paste(name,"down_0.05", sep = "_")] <- dat$adj.P.Val <= 0.05 & dat$logFC <= -1
    dat[,paste(name,"up_0.001", sep = "_")] <- dat$adj.P.Val <= 0.001 & dat$logFC >= 1
    dat[,paste(name,"down_0.001", sep = "_")] <- dat$adj.P.Val <= 0.001 & dat$logFC <= -1
    dat[,paste(name,"reg_0.05", sep = "_")] <- dat$adj.P.Val <= 0.05 & abs(dat$logFC) >= 1
    dat[,paste(name,"reg_0.001", sep = "_")] <- dat$adj.P.Val <= 0.001 & abs(dat$logFC) >= 1
   return(dat)
}


purrr::imap(list, mark_significants_p.05and.001_fc1)

imap 与 map2 相同，通过列表名称传递

purrr::map2(list, names(list), mark_significants_p.05and.001_fc1)