【发布时间】：2015-10-21 21:17:16
【问题描述】：
我正在尝试执行具有遗传距离矩阵和物理距离矩阵的 Mantel 测试。由于这些矩阵是如何生成的，它们的“顺序”相互之间是混乱的。令人惊讶的是，我发现很难按行/列名称（即暗名或维度名称）对这些矩阵进行排序。任何帮助将不胜感激。
下面是一个虚拟样本集：
d1 = matrix(c(0,1,2,1,0,3,2,3,0),nrow=3, ncol=3)
rownames(d1) <- c("A","B","C")
colnames(d1) <- c("A","B","C")
d3 = matrix(c(0,.2,.3,.2,0,.1,.3,.1,0),nrow=3, ncol=3)
rownames(d3) <- c("C","A","B")
colnames(d3) <- c("C", "A","B")
这会创建两个相关的矩阵。让我们假设 d1 包含有关一个物种的不同菌株（例如 A、B、C）彼此分离的距离的信息，而 d3 包含这些相同菌株之间的成对遗传差异。我需要这两个矩阵以相同的顺序执行壁炉测试。
当我尝试使用 order 时，我失去了矩阵：
d3[order(rownames(d3))]
[1] 0.2 0.3 0.0
d3[order(as.data.frame(rownames(d3)))]
[1] 0.2 0.3 0.0
【问题讨论】：
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您的意思是
d3[order(rownames(d3)), ]？或d3[order(rownames(d3)), order(colnames(d3))]对行和列进行排序以匹配d1。但是由于它们具有完全相同的名称，因此您也不需要order()。你可以做d3[rownames(d1), colnames(d1)] -
谢谢！抱歉重复 - 我遇到了很多帖子，但似乎无法得到我想要的东西......结果我只是忘记了逗号。