R - 按行名重新排序稀疏矩阵答案

【问题标题】：R - reordering a sparse matrix by rownamesR - 按行名重新排序稀疏矩阵
【发布时间】：2015-10-12 04:03:11
【问题描述】：

我有三个使用 Matrix 包构建的 dgCMatrix 稀疏矩阵。这两个矩阵的行顺序不同，所以我想按行名重新排序，这样我就可以将三个矩阵加在一起。有人能提示一下快速执行此操作的方法吗？

非常感谢，

尼古拉斯

这是一个小例子，其中 ZZ 是错误的，因为矩阵的顺序不同：

dat <-data.frame(fac1=factor(c("small","large"),levels=c("small","large","medium")),fac2=factor(c("medium","large"),levels=c("medium","large","small")),fac3=factor(c("small","medium"),levels=c("small","medium","large")))

Zl <- lapply(c("fac1","fac2","fac3"), function(nm) Matrix:::fac2sparse(dat[[nm]], "d",drop=F))

ZZ <- Reduce("+", Zl[-1], Zl[[1]])

【问题讨论】：

我认为我不会更改存储在稀疏矩阵中的条目序列中的任何内容。对于普通的矩阵或数据框，下面的解决方案肯定有效，但我不确定在更改行的顺序后，dgCMatrix 中非零元素的索引是否仍然有意义。

标签： r sparse-matrix

【解决方案1】：

为了更清楚，我添加了一个虚拟示例。感谢您的回答 Mikkel，它实际上可以使用：

Z1 <- Matrix:::fac2sparse(dat$fac1, "d",drop=F)
Z1 <- Z1[order(row.names(Z1)),]

Z2 <- Matrix:::fac2sparse(dat$fac2, "d",drop=F)
Z2 <- Z2[order(row.names(Z2)),]

Z3 <- Matrix:::fac2sparse(dat$fac3, "d",drop=F)
Z3 <- Z3[order(row.names(Z3)),]

ZZ <- Z1+Z2+Z3

我发现另一种解决方案是在使用 lapply 之前对因子的级别进行排序：

dat$fac1 <- factor(dat$fac1,levels=sort(levels(dat$fac1))
dat$fac2 <- factor(dat$fac2,levels=sort(levels(dat$fac2))
dat$fac3 <- factor(dat$fac3,levels=sort(levels(dat$fac3))

Zl <- lapply(c("fac1","fac2","fac3"),function(nm) Matrix:::fac2sparse(dat[[nm]],"d",drop=F))

ZZ <- Reduce("+", Zl[-1], Zl[[1]])

【讨论】：

【解决方案2】：

我在网站上找到了这个解决方案：

new_df <- df[ order(row.names(df)), ]

链接：How can I use the row.names attribute to order the rows of my dataframe in R?

【讨论】：