生成漂亮的表格后，有没有办法重新调整 gtsummary 中的变量？答案

【问题标题】：Is there a way to relevel a variable in gtsummary after generating the beautiful table?生成漂亮的表格后，有没有办法重新调整 gtsummary 中的变量？
【发布时间】：2023-04-01 10:54:01
【问题描述】：

我正在尝试在创建表后重新调整 gtsummary 对象中特定变量的级别。默认情况下，引用的级别位于顶部（如预期的那样），但有时您需要特定的顺序。对于这张桌子，我希望将年龄猫“61-83”推下。我用 modify_table 试过了，但我得到了 relevel(agecat, ref = "0-20") 中的错误：找不到对象 'agecat'

library(gtsummary)
library(dplyr)

data(trial)

trial <- trial %>%
  mutate(agecat = case_when(between(age, 0, 20) ~ "0-20",
                            between(age, 21, 40) ~ "21-40",
                            between(age, 41, 60) ~ "41-60",
                            between(age, 61, 83) ~ "61-83"),
         agecat = as.factor(agecat),
         agecat = relevel(agecat, ref = "61-83"))

glm(response ~ trt + grade + agecat,
    data = trial, family = binomial) %>%
  tbl_regression(exponentiate = TRUE)

【问题讨论】：

标签： r gtsummary

【解决方案1】：

有两种方法可以解决这个问题：

gtsummary 表的打印本质上是一个带有格式选项的数据框，以使其美观。您可以使用 modify_table_body() 和 arrange() 函数对基础数据框进行排序。

library(gtsummary)
library(tidyverse)
packageVersion("gtsummary")


trial2 <-
  trial %>%
  mutate(
    agecat = case_when(
      between(age, 0, 20) ~ "0-20",
      between(age, 21, 40) ~ "21-40",
      between(age, 41, 60) ~ "41-60",
      between(age, 61, 83) ~ "61-83"
    ) %>%
      factor(),
  )

glm(response ~ trt + grade + agecat,
    data = trial2 %>% mutate(agecat = relevel(agecat, ref = "61-83")), 
    family = binomial) %>%
  tbl_regression(exponentiate = TRUE) %>%
  modify_table_body(
    ~ .x %>%
      arrange(variable, desc(row_type == "label"), label == "61-83")
  )

第二种方法是使用contrasts() 指定应该引用哪个组。 tbl_regression() 保留顺序。

contrasts(trial2$agecat) <-
  contr.treatment(levels(trial2$agecat),
                  base = which(levels(trial2$agecat) == "61-83")
  )

glm(response ~ trt + grade + agecat,
    data = trial2, 
    family = binomial) %>%
  tbl_regression(exponentiate = TRUE)

【讨论】：