有没有办法重新调整 plot.clusterlm (R) 生成的绘图轴？答案

【问题标题】：Is there a way to rescale the axes of a plot produced by plot.clusterlm (R)?有没有办法重新调整 plot.clusterlm (R) 生成的绘图轴？
【发布时间】：2020-03-06 15:28:54
【问题描述】：

我已经使用 R 中的 permuco 对一些时间序列数据进行了聚类分析。（置换控制/治疗条件的标签并计算 F 统计量，以了解这些时间聚类偶然发生的显着差异的可能性。）到目前为止一切顺利。

我使用该软件包附带的内置函数 plot.clusterlm 制作了许多绘图。但是，数据来自不同的组，并且 y 轴上的 F 值在每个图中重新调整，即值和刻度会根据效果的强弱进行重置。

这是有问题的，因为基于不同聚类分析的不同图在视觉上没有可比性。我想重新调整 y 轴，以便所有集群都沿相同的 F 值（例如 0-10）可视化。

我无法做到这一点，我想知道是否有办法将任何附加函数传递给 plot.clusterlm 来做到这一点。这是函数的用法，但我看不到重新调整 y 轴的方法。（虽然可以通过操作 nbbaselinepts 和 nbptsperunit 重新调整 x 轴，但这不是我想要的......）

    plot(x, effect = "all", type = "statistic",
    multcomp = "clustermass", alternative = "two.sided",
    enhanced_stat = FALSE, nbbaselinepts = 0, nbptsperunit = 1, ...)

如果您对此有任何想法，请告诉我。谢谢！

【问题讨论】：

欢迎来到 Stack Overflow _ 我看到你试图编辑你的帖子以使其可读，但文本出现了一大块 _ SO 上的秘密是按两次 Enter 键以创建一个新段落_ 如果您通过按两次 Enter 来编辑帖子，则会在段落之间创建一个空格，并且它会更具可读性； )
您好，感谢您指出这一点，我已对其进行了编辑。如果您对解决方案有任何想法，请告诉我。谢谢！

标签： r plot cluster-analysis permutation rescale

【解决方案1】：

在基础 R 绘图设备中，轴更改如下：

x<-1:10; y=x*x
# Simple graph
plot(x, y)
# Enlarge the scale
plot(x, y, xlim=c(1,15), ylim=c(1,150))
# Log scale
plot(x, y, log="y")

这是来自STHDA 的示例，您可以在其中找到许多有用的教程。

【讨论】：

不，这不能回答我的问题。这是使用普通绘图函数的方法，但这是 permuco 库中的一个函数，称为 plot.clusterlm。此函数不接受 ylim 作为参数，并抛出错误“slim 不是图形参数”。这是因为它绘制了从聚类分析模型得出的 F 值与时间的关系，如果不存在高于某个值的 F 值，则无法将它们绘制在那里。有没有办法强制此图缩小数据以将它们放在带有我指定的 y 轴刻度线的图上？我根本找不到办法。

【解决方案2】：

感谢您使用permuco！我在 GitHub 上打开了一个问题，以获得实现这些功能的解决方案。您可以期待permuco 的后续版本中的变化。

但是，plot() 方法显示的 F 统计量并不是衡量效果大小的好方法。效果大小的更好度量是在afex package 中实现的部分 eta 平方

【讨论】：