使用 Bioconductor 安装侦探，路径不可写的错误？答案

【问题标题】：Installing sleuth using Bioconductor, error where the path is not writable?使用 Bioconductor 安装侦探，路径不可写的错误？
【发布时间】：2020-04-19 03:16:56
【问题描述】：

我在将 sleuth 安装到 R 工作室时遇到问题。我已经尝试使用 Stockoverflow 中建议的方法进行故障排除，标题为“安装路径不可写 R，无法更新软件包”（链接：installation path not writable R, unable to update packages）。我不断收到以下错误。

错误信息：

Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.1 (2019-07-05)
Installation path not writeable, unable to update packages: boot, class, foreign, KernSmooth, lattice,
  MASS, Matrix, mgcv, nlme, nnet
Old packages: 'isoband', 'purrr', 'RcppArmadillo', 'RCurl', 'reshape2', 'survival'
Update all/some/none? [a/s/n]: 
BiocManager::install("devtools")    # only if devtools not yet installed
Update all/some/none? [a/s/n]: 
BiocManager::install("pachterlab/sleuth")
Update all/some/none? [a/s/n]:

当我输入这段代码时：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()
BiocManager::install("devtools")    # only if devtools not yet installed
BiocManager::install("pachterlab/sleuth")

感谢您的帮助！

【问题讨论】：

标签： bioconductor

【解决方案1】：

This answer 可能会有所帮助。

看起来有问题的软件包（boot、class、foreign 等）安装在您没有写入权限的位置。

原则上，sleuth 包应该已经安装，尽管有错误消息（您可以通过在 R 控制台中运行 library(sleuth) 来检查）。但是，为避免每次尝试安装 (BioConductor) 软件包时出现这些错误，我建议在您具有写入权限的目录中重新安装那些有问题的软件包。根据您的操作系统，这可能位于不同的位置。

我发现this guide 对于维护 R 包特别有用。

简而言之（所有命令都在 R 中运行）：

删除错误消息中提到的带有remove.packages()的软件包，如果安装了sleuth，也将其删除，我们稍后会以更易于维护的方式再次安装它
在R中，检查Sys.getenv("R_LIBS_USER")的输出，这通常应该是你家目录下的目录路径
很可能R_LIBS_USER目录还不存在，用dir.create(Sys.getenv("R_LIBS_USER"))创建
重启R（在RStudio中，你可以做Session → 重启R
检查.libPaths()的输出，第一个元素现在应该是你刚刚创建的目录（即与Sys.getenv("R_LIBS_USER")相同），现在这是安装R包的默认目录
使用BiocManager::install("pachterlab/sleuth") 再次安装sleuth，这通常也应该安装所有依赖项。如果不是，您可能需要单独安装它们。

希望这会有所帮助！

【讨论】：