OpenCPU 上的自定义 R 包 / 包找到，但没有可见的功能答案

【问题标题】：Custom R package on OpenCPU / Package found, but no functions visibleOpenCPU 上的自定义 R 包 / 包找到，但没有可见的功能
【发布时间】：2014-08-13 09:30:14
【问题描述】：

CI 为 OpenCPU 编写了一个 R 包，想在我自己的云服务器上使用它。即使包本身被识别并且可以更新，我也无法访问任何功能，并且我可以通过 POST 和 GET 通常访问其他（非自定义，例如基本或统计）包。

我已将自定义包连同所有依赖项一起安装到 /usr/local/lib/R/site-library，我可以在服务器本地使用 R 会话中的函数。

> TestConnectivity
function (x = 100) 
{
    return(sum(rnorm(x)))
}
<environment: namespace:MyPkg>
> TestConnectivity()
[1] 4.174071

函数导出正确（使用roxygen2的文档）：

> getNamespaceExports("MyPkg")
[1] "TestConnectivity"

但是当我通过 OpenCPU（通过浏览器或 curl）在 /ocpu/library/MyPkg/R/TestConnectivity 访问它时，我得到：

object 'TestConnectivity' not found

In call:
get(reqobject, paste("package", reqpackage, sep = ":"), inherits = FALSE)

/ocpu/library/MyPkg/R/ 也是空白的（通常需要导出函数的列表），但包本身可以通过浏览器在/ocpu/library/MyPkg/ 看到：

    Information on package 'MyPkg'

Description:

Package:       MyPkg
Description:   in development ...
Type:          Package
Version:       0.1.2
[...]

Index:

TestConnectivity        Test Connectivity of OpenCPU
MyPkg                   Provide R analysis of stored data.
MyPkg-package           Calculation package

我已将其名称添加到/etc/opencpu/server.conf 的预加载字段中，但/ocpu/info 仅显示为loaded via a namespace (and not attached): [n] MyPkg_0.1.2。不知道有没有问题。

我还向/etc/apparmor.d/opencpu.d/custom 添加了对软件包功能所需的所有文件的访问权限，例如用于 ODBC 数据库连接的 DSN 配置文件。

包本身不仅包含函数，还包含组装的R6 和S3 类定义（单个文件中的继承）——尽管如此，它们都没有在TestConnectivity() 中使用。函数也不总是放置在与函数同名的文件中 - 有时多个文件组合在一个文件中。（TestConnectivity() 放置在相应的 TestConnectivity.R 文件中 - 如果重要的话。）

相对于在本地使用包，在使用 OpenCPU 时文件结构是否存在一些限制，这可能会导致此问题？或者类定义文件可能是造成问题的原因？任何建议表示赞赏。

【问题讨论】：

你似乎做对了。 OpenCPU 中的 R 包没有额外的限制。您的代码是否在某处公开可用？还是显示问题的简单版本的软件包？如果您提供一个我们可以测试的示例，会更容易为您提供帮助。

标签： r package cloud opencpu

【解决方案1】：

感谢您的回答（以及关于 OpenCPU 的出色工作，顺便说一句...）！

我通过简单地在/home/myUser/R/3.1/library 中安装包解决了我的问题，例如.libPaths()[1]（或R-LIBS-USER[1]）而不是/usr/local/lib/R/site-library。

我是通过逐步构建一个越来越复杂的测试包来实现的……在我几乎拥有我的实际项目结构的时候，它仍然有效。唯一不同的是安装路径。

总而言之，这可能是我的虚拟机上的权限管理问题，而不是 OpenCPU 或我的包的问题。很抱歉，我无法提供更多信息 - 如果我偶然发现了什么，我会在此处添加。

编辑 - 我忘了：当然，网址从/ocpu/library/MyPkg/R/ 更改为/ocpu/user/MyUsername/library/MyPkg/R/。

【讨论】：