构建 R 包：“主题”没有可见的全局函数定义答案

【问题标题】：Building R package: no visible global function definition for 'subject'构建 R 包：“主题”没有可见的全局函数定义
【发布时间】：2012-06-07 03:24:20
【问题描述】：

我是第一次构建 R 包，但遇到了一些麻烦。我正在执行 R CMD 检查并收到以下错误：

get.AlignedPositions: no visible global function definition for 'subject'

我不确定是什么原因造成的。我的代码中什至没有“主题”变量。代码相当长，所以除非有人在评论中询问，否则我宁愿不粘贴所有代码。我应该寻找一些具体的东西吗？我唯一能想到的就是我有这样一行：

alignment <-pairwiseAlignment(pattern = canonical.protein, subject=protein.extracted, patternQuality=patternQuality,
                            subjectQuality=subjectQuality,type = type, substitutionMatrix= substitutionMatrix,
                            fuzzyMatrix=fuzzyMatrix,gapOpening=gapOpening,gapExtension=gapExtension,
                            scoreOnly=scoreOnly)

但主题由 Biostrings 包中的 pairwiseAlignment 函数定义。感谢您的帮助！

【问题讨论】：

查看您的函数get.AlignedPosition，您可能会发现subject 被用作函数，类似于subject(foo)。 Bioconductor developer mailing list 旨在为（也是新兴的）Bioconductor 开发人员服务。
在你有这段代码的函数中，在顶部，输入subject <- NA，然后在下一行输入rm(subject)。然后再次构建，看看会发生什么。

标签： r package

【解决方案1】：

R 发现了一个函数 subject，在没有名为 subject 的函数可用的情况下被使用。 this discussion on R-devel 解释了一个可能的原因。在这种情况下，代码是有条件地使用的，例如如果安装了某个包，我们将使用它的功能。在未安装此软件包的系统上检查该软件包时，我们会遇到此类警告。所以请检查是否可能是这种情况。或者，您可能在不存在函数的情况下调用主题而犯了错误，例如subject 不是一个函数，而只是一个对象。

【讨论】：