无法从 Jupyter 笔记本中的 conda 环境导入 rpy2.robjects 但在控制台中

Question

在带有LookupError: 'show' not found 的 jupyter notebook 中导入 rpy2.robjects 失败，但是，导入在具有激活环境的命令行 python 解释器中工作。我怎样才能让它在笔记本中工作？

我已经创建了安装了 rpy2 和 ipykernel 的 conda 环境，并通过python -m ipykernel install --user --name env --display-name "env"（在激活的环境中）将它链接到了 jupyter。我在jupyter kernelspec list提供的路径下查找了kernel.json中的环境路径，发现它是我的正确环境之一。当我从激活的环境中启动 jupyter notebook 并尝试导入 rpy2.rojects 时，我没有收到错误消息。我原以为这不应该有任何区别。此外，当通过~home/user/anaconda3/envs/env 中的./python 启动python 解释器时，我确实收到了错误。在有或没有激活环境的情况下启动笔记本时，似乎某些环境变量的设置不同，但我不知道哪个以及如何设置。如果有任何提示可以理解这个问题，我会很高兴。

Answer 1

环境是否被激活确实会有所不同。您已经指出了一种解决方案，在激活的环境中启动 Jupyter，内核将继承相应的环境变量。

Anaconda 还有一个内核提供程序，可以在所有 conda 环境中查找内核，并在内核启动时自动激活环境。

另一种方法是编写自己的内核规范来调用脚本。在该脚本中，您可以在启动内核之前激活 conda 环境。