在 R 中使用 python 虚拟环境答案

【问题标题】：using python virtual env in R在 R 中使用 python 虚拟环境
【发布时间】：2013-12-02 20:28:50
【问题描述】：

我正在使用“rPython”包在 R 中调用 python，但我无法让 R 引用我的 python 的虚拟环境。

在 R 中，我尝试过使用

system('. /home/username/Documents/myenv/env/bin/activate')

但是在上面运行之后我的 python 库路径没有改变（我通过python.exec(print sys.path) 检查）。当我跑步时

python.exec('import nltk')

我被抛出错误：

python.exec("import nltk") 中的错误：没有名为 nltk 的模块

虽然它在我的虚拟环境中。

我在 Ubuntu 13.04 上使用 R 3.0.2、Python 2.7.4。

另外，我知道我可以使用

从 R 中更改 python 库路径

python.exec("sys.path='\your\path'")

但我不希望在安装新的 python 包时一遍又一遍地手动输入。

提前致谢！

【问题讨论】：

标签： python r virtualenv

【解决方案1】：

在运行R之前使用“activate”bash脚本，让R进程继承改变的环境变量。

$ source myvirtualenv/bin/activate

$ R

现在 rPython 应该可以使用你的 virtualenv 中的包了。

为我工作。如果您创建 virtualenv 所使用的 Python 版本与指向 R 进程的一个 rPython 链接不同，则可能会出现奇怪的行为。

【讨论】：

Rstudio 能做到吗？
R 脚本必须使用多个不同的虚拟环境

【解决方案2】：

扩展@PaulHarrison 的答案，您可以模仿.../activate 直接在环境中所做的事情（在从R 启动python 之前）。

这是确定哪些变量被修改的一种方法：

$ set > pyenv-pre
$ . /path/to/venv/activate
(venvname) $ set > pyenv-post
(venvname) $ diff -uw pyenv-pre pyenv-post

这给了我类似的东西：

--- pyenv-pre 2018-12-02 15:16:43.093203865 -0800
+++ pyenv-post 2018-12-02 15:17:34.084999718 -0800
@@ -33,10 +33,10 @@
 OPTERR=1
 OPTIND=1
 OSTYPE=linux-gnu
-PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
+PATH=/path/to/venv/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
 PIPESTATUS=([0]="0")
 PPID=325990
-PS1='\[\e]0;\u@\h: \w\a\]${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h:\w\$ '
+PS1='(venvname) \[\e]0;\u@\h: \w\a\]${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h:\w\$ '
 PS2='> '
 PS4='+ '
 PWD=/
@@ -50,10 +50,13 @@
 TERM=xterm
 UID=3000019
 USER='helloworld'
+VIRTUAL_ENV=/path/to/venv
 XDG_DATA_DIRS=/usr/local/share:/usr/share:/var/lib/snapd/desktop
 XDG_RUNTIME_DIR=/run/user/3000019
 XDG_SESSION_ID=27577
-_=set
+_=/path/to/venv/bin/activate
+_OLD_VIRTUAL_PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
+_OLD_VIRTUAL_PS1='\[\e]0;\u@\h: \w\a\]${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h:\w\$ '
 __git_printf_supports_v=yes
 __grub_script_check_program=grub-script-check
 _backup_glob='@(#*#|*@(~|.@(bak|orig|rej|swp|dpkg*|rpm@(orig|new|save))))'
@@ -2390,6 +2393,31 @@
         fi;
     fi
 }
+deactivate () ... rest of this function snipped for brevity

看来要更新的重要环境变量是：

PATH：将 venv bin 目录添加到现有路径
VIRTUAL_ENV：设置为/path/to/venv

我相信其他更改（OLD_VIRTUAL_* 和 deactivate () ...）是可选的，实际上仅用于退出 venv 激活。

查看.../activate 脚本可以验证这些是所采取的大部分步骤。另一个步骤是 unset PYTHONHOME if set，如果您之前没有设置它，上面的差异可能不会显示。

R-ize 这个：

Sys.setenv(
  PATH = paste("/path/to/venv/bin", Sys.getenv("PATH"), sep = .Platform$path.sep),
  VIRTUAL_ENV = "/path/to/venv"
)
Sys.unsetenv("PYTHONHOME") # works whether previously set or not

【讨论】：

我会坚持我的扩展 bash -c '...' 电话，但您的解决方案似乎是其他所有解决方案中最好的。
我同意……让系统自己进行 envvar 管理通常更安全。 system 方法的唯一缺点是您必须能够手动调用 python（用于 R 交互）。其中一个 python 启用程序有reticulate::use_virtualenv()（排除了这种必要性），不确定其他的。我更喜欢你的简单和原则，尽管我怀疑使用Sys.setenv 这样做通常是足够安全的。

【解决方案3】：

我很幸运地通过以下方式获得了使用我的 peynv 安装的脚本：

#!/usr/bin/env python

所以也许可以尝试将 R 指向该路径（当然，没有#!）。

【讨论】：

【解决方案4】：

使用bash -c 设法让它工作：

system("/bin/bash -c \"source ./pydatatable/py-pydatatable/bin/activate && python -c 'import datatable as dt; print(dt.__version__)'\"")

【讨论】：