错误没有带有 R Markdown 的名为 RevoUtilsMath 的包

Question

我正在运行 R 3.4.3 和 3.5.1（非 Microsoft 版本）以及 RStudio 版本 1.1.456。我正在尝试将一些代码编织到 RMarkdown 中。但是，我收到以下错误：

Error in library(p, character.only = TRUE) : there is no package called 'RevoUtilsMath'Calls: <Anonymous> ... suppressPackageStartupMessages -> withCallingHandlers -> library Execution halted

包RevoUtilsMath 是与Microsoft R 一起安装的MKL 的一部分。我不能将它作为带有“常规R”的补充包安装。脚本本身运行良好，只是在 R Markdown 中不起作用。

已加载以下库：

```{r loadLibraries, echo=FALSE, warning=FALSE}
library(RODBC)
library(dplyr)
library(markovchain)
library(DT)
library(reshape2)
library(knitr)
library(ggplot2)
library(scales)
library(PerformanceAnalytics)
library(plotly)```

在 Markdown 中执行以下代码时会发生缺少包错误。使用此代码调用它。

```{r histogram1, echo=FALSE, cache=TRUE}```

histogram1 代码如下（非常标准的 ggplot）。

 g <- ggplot(dataClean, aes(x = IncSnapshotDay, fill = Represent)) + 
  geom_histogram(bins=70, alpha = .8) + 
  scale_fill_manual(values = colors) + 
  scale_x_continuous(labels = comma, limits = c(0,40000)) + 
  facet_wrap(~SnapshotDay) + 
  ylim(0,4000)  +
  theme_bryan()
  g

我认为可能其中一个包有依赖关系，所以我运行了以下内容。

library(tools)
> dependsOnPkgs('RevoUtilsMath')

它返回character(0)，表示没有任何包依赖它。我在ggplot2上测试了这个功能，它可以工作

dependsOnPkgs('ggplot2')
[1] "dendextend" "GGally"     "ggthemes"   "plotly"     "viridis"    "caret"      "crosstalk" 
[8] "DT" 

那么为什么 R Markdown/knitr 会产生这个错误，因为代码本身在 Markdown 之外运行良好，我该如何解决这个问题？

Answer 1

我认为您遇到的问题类似于我刚刚遇到的问题，但如果没有更多细节，我很难知道。

在我的情况下，问题是由 knitr 缓存以前作者使用的包列表（使用 Microsoft R）引起的。直接的解决方案是在尝试编织代码之前简单地清除 knitr 缓存（通过 RStudio 中的“Knit”下拉菜单）。

我仍然不明白为什么会发生这种情况或如何在未来的情况下避免这种情况，但这至少提供了一种即使面对这种行为也可以创建文档的方法。