R中带有PBSmapping包的importShapefile错误

Question

我在运行 R 版本 2.15.2，平台：i386-w64-mingw32/i386（32 位）的 RStudio (0.97.318) 中的 PBSmapping（版本 2.63.37）中收到零星的错误消息。我在运行以前版本的 R 和 RStudio 时也收到了错误。

> ST6 = importShapefile("Data/pvi_stat_2002_utm.shp", projection="UTM", readDBF = TRUE)
Error in 1:nrow(dbf) : argument of length 0

> traceback()
2: cbind(1:nrow(dbf), dbf)
1: importShapefile("Data/pvi_stat_2002_utm.shp", projection = "UTM",readDBF = TRUE)

我只是偶尔收到此错误 - 可能每 10 次运行代码就有 1 次。但是一旦在会话中发生错误，它就会重复发生并且直到我完全关闭R并重新打开它之后才能成功执行命令。有一次我不得不重新启动计算机才能工作，因为连续重新打开 R 并没有帮助。

我认为这可能是内存问题，但有时当工作区中没有对象时我会收到错误消息。即使我加载了大对象，通常代码也能正常运行。为了响应该错误，我已从工作区中删除了所有对象，甚至还使用了 gc()，但无济于事。

这是我收到错误的唯一 shapefile，但由于它是我唯一经常使用的 shapefile，而且由于我无法预测错误何时发生，因此我对其他 shapefile 的努力尚无定论。不确定将 shapefile 上传到 Stack Overflow。压缩文件大约 9MB。

Answer 1

我正在使用 R-3.0.1 和 PBS Mapping 2.66.53 以及来自http://www.nafo.int/about/overview/gis/Divisions.zip 的 NAVO Divisions shapefile。在 Windows 7 x86_64 和 OS X Snow Leopard（使用为 x86_64 构建的 macports R）上，.dbf 被正确读取，但它 有时使用 RHEL 5.9 会失败：

> library("PBSmapping", lib.loc="/home/gwhite/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0")

-----------------------------------------------------------
PBS Mapping 2.66.53 -- Copyright (C) 2003-2013 Fisheries and Oceans Canada

[...]
-----------------------------------------------------------

> library("rgeos", lib.loc="/home/gwhite/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0")
 rgeos version: 0.2-19, (SVN revision 394)
 GEOS runtime version: 3.3.8-CAPI-1.7.8 
 Polygon checking: TRUE 

> layer='Divisions'
> divs = importShapefile(layer, projection='LL')
Error in 1:nrow(dbf) : argument of length 0

使用 readDBF=F 确实允许读取 shapefile 数据：

> divs = importShapefile(layer, projection='LL', readDBF=F)

到目前为止，importShapefile() 一直在新开始的 R 会话中工作。

Answer 2

查看 shapefile 所在的文件夹。实际上有.dbf 文件吗？如果有，听起来它是空的、已损坏或名称错误。您是否希望您的 shapefile 具有带有属性的多边形。你可以试试importShapefile(... readDBF = FALSE )吗？也许您可以通过保管箱链接或其他方式提供我们的数据？

您是否尝试过rgdal:::readOGR 或者我个人最喜欢的maptools:::readShapePoly()。我个人认为readShapePoly() 非常健壮，并且有一些方法可以将SpatialPolygonsDataFrame 从sp 强制转换为来自PBS 的PolySet。

如果您真的必须使用 PBS，您是否尝试过...

require( maptools )
require( sp )
myshp <- readShapePoly("Data/pvi_stat_2002_utm")
myshpPBS <- SpatialPolygons2PolySet( myshp )

我假设您的 shapefile 中有一个 .prj 文件，描述了投影信息？