在 knitr 的分块文件中保留降价答案

【问题标题】：Preserve markdown in chunked file for knitr在 knitr 的分块文件中保留降价
【发布时间】：2016-11-17 18:01:18
【问题描述】：

我有一个名为 runDataAnalysis.R 的 R 脚本，其中我调用了一个长分析文件 actualAnalysis.R。

我想用knitr 生成报告（我没有使用 RStudio）。

所以我关注了一些good advice 并做了以下事情：

我的长分析文件顶部有## @knitr runMostAnalyses。

我的runDataAnalysis.R 文件中也有这些行：

---
output: html_document: 
        toc: true
---

```{r echo=FALSE}
read_chunk('pathtofile/actualAnalysis.R')
```

```{r first}
<<runMostAnalyses>>
```

最后，我运行它并调用rmarkdown::render('runDataAnalysis.R') 获取报告。这在大多数情况下都有效，但它不会保留源文件中指示的降价（至少与通常用于 rmarkdown 的格式不同）。例如，我有 #' #、#' ## 和 #' ### 的不同标题级别。但这只是在报告文件中逐字复制，而不是解释为标题（并包含在目录中）。我在chunk options 中找不到任何相关选项。

是语法不同还是我在评估块时做错了什么？

【问题讨论】：

标签： r markdown knitr

【解决方案1】：

如果你将 Rmd 导入到 Rmd 文件中，你可以使用here 描述的解决方案之一：或者使用块参数child

```{r, child = 'pathtofile/actualAnalysis.R'}
```

或使用函数 knit_child（将转换后的文档作为字符串返回）连同块参数 results 设置为 'asis'：

```{r echo=FALSE, results='asis'}
   cat(knit_child(text = readLines('pathtofile/actualAnalysis.Rmd', quiet = TRUE)) 
```

如果导入的文件是用spin处理的格式化R脚本，将knit_child替换为spin_child后应该也可以。

如果父文档本身也是要使用 spin 处理的格式化 R 脚本（不是您的示例中的 Rmd），您可以使用双花括号导入子文档（格式化为 spin），如spin_child 文档：

{{ spin_child('pathtofile/actualAnalysis.R') }}

【讨论】：