使用 knitr，在将块合并到单独的文件时保留块选项

Question

出于教学目的，我想将purl 我的.Rnw 文件的块分成单独的文件。这个答案解释了如何做到这一点：

How to purl each chunks in .Rmd file to multiple .R files using Knitr

但是该方法不保留块选项。由于我已经生成了块，因此保留 fig.width 和 fig.height 选项很重要。理想情况下，我想要一个如下所示的块：

<<plot, fig.width = 3, fig.height = 5, outwidth = '.75\\textwidth'>>=
plot (1,1)
@

变成一个名为plot.R 的文件，如下所示：

#+ fig.width = 3, fig.height = 5
plot (1,1)

也就是说，将块选项fig.width和fig.height转换为spin()可以识别的格式，就像purl()所做的那样，去掉不相关的块选项，或者为spin() 转入 Word，如 out.width。一切都本着创建用户友好的代码文件的精神。

Answer 1

由于您引用的答案没有从purl 的结果中复制标题行，因此您会丢失除块名称之外的所有内容。虽然您可以调整它以粘贴到标题中，但实际上构建一个函数来解析 purl 的输出并不难——这比尝试解析 Rmd 或 Rnw 文档容易得多，而且比排序更容易弄清楚knitr 是如何做到的。

purl_chunks <- function(input_file){
  purled <- knitr::purl(input_file)    # purl original file; save name to variable
  lines <- readLines(purled)    # read purled file into a character vector of lines
  starts <- grep('^## ----.*-+', lines)    # use grep to find header row indices
  stops <- c(starts[-1] - 1L, length(lines))   # end row indices
  # extract chunk names from headers
  names <- sub('^## ----([^-]([^,=]*[^,=-])*)[,-][^=].*', '\\1', lines[starts])
  names <- ifelse(names == lines[starts], '', paste0('_', names)) # clean if no chunk name
  # make nice file names with chunk number and name (if exists)
  file_names <- paste0('chunk_', seq_along(starts), names, '.R')
  for(chunk in seq_along(starts)){    # loop over header rows
    # save the lines in the chunk to a file
    writeLines(lines[starts[chunk]:stops[chunk]], con = file_names[chunk])
  }
  unlink(purled)    # delete purled file of entire document
}

几个注意事项：

• 虽然正则表达式适用于我提出的问题，但它可能仍然存在错误。测试：
  • 没有区块名称
  • 没有名称，只有块设置
  • 带有连字符的名称
  • 单个字符名称
  • 带有空格的名称，包括之后（逗号/大括号之前）
• 由于.Rnw 和.Rmd 文件都purl 相同，它适用于任何一个。
• 它使用purl 的documentation 参数的默认设置(1L)。 0L 不会有块头，因此无论如何在这里毫无意义，但它会愚蠢地处理2L（它将包括文本块作为roxygen cmets）。但是，如果您想要具有以下代码块的文本块，则可以为此重建它。
• 虽然purl 的输出标题行看起来与您上面的示例不完全相同（它们以## ---- 开头并用连字符填充），但它们spin 正确；结果服从块选项。