气隙环境 - 安装 R 包源与二进制文件答案

【问题标题】：Air-gapped env- Installing R package source vs binaries气隙环境 - 安装 R 包源与二进制文件
【发布时间】：2021-06-11 07:30:51
【问题描述】：

我们的办公室有一个 ubuntu linux 服务器，它是一个气隙环境。外部网络无法访问互联网。

但是我想安装几个 R 包，如 ggplot2, Database Connector, dplyr, Tidyverse 等。我有超过 10-15 个包要下载

虽然我无法编写常用命令 install.packages("DatabaseConnector")，但我必须从 CRAN 下载压缩文件夹，如图所示 here。

我是 R 新手。那么，您能帮我解决下面给出的问题吗？

a) 为什么 linux 系统没有文件？我只看到windows binaries 和macOS binaries。我应该下载哪一个？

b) 我应该下载binaries 还是package source？哪一个容易安装？

c) 当我从 CRAN 下载像 zipped file 这样的软件包时，如图所示 here，依赖项也会自动下载吗？还是我应该查看错误消息并继续一一下载？

d) 由于我在气隙环境中工作，因此有效地执行此过程的最佳方法是什么。

【问题讨论】：

这绝对不是最好的解决方案，但如果你想在本地访问多个包（或更准确地说是所有包），这可能是合适的：stackoverflow.com/questions/39051381/…
如果你想安装像 tidyverse 这样的大型元包，你可以下载比 10-15 更多的包。请记住，您需要为每个包安装整个依赖关系树。
@Roland - 你知道我应该下载哪个二进制文件吗？还是我应该下载源文件？
考虑docs.rstudio.com/rspm/admin/appendix/airgapped-installs。 RStudio 包管理器提供 Ubuntu 二进制文件，并计划用于气隙案例

标签： r ggplot2 dplyr tidyverse install.packages

【解决方案1】：

在 linux 下，软件包总是从源代码安装。没有用于 linux 的官方二进制包。但是，您的发行版可能会在官方存储库中提供其中一些。 Ubuntu 可以。然而，这些往往是相当旧的版本，通常仅限于少数最重要的软件包。因此，对于 linux，您必须下载源包。 zip 文件适用于 windows，无法使用。

您还需要下载软件包的所有依赖项。对于像 tidyverse 这样的东西，这将是一个巨大的数字。手动跟踪这些工作量很大。最简单的可能是在您的气隙系统之外使用像 miniCRAN 这样的包来构建 CRAN 的选择性副本。您可以指定所需的包，该包将下载所有依赖项。然后，您可以将下载的目录复制到您的服务器，将install.packages 指向正确的方向并像通常使用install.packages 一样安装。详情见https://andrie.github.io/miniCRAN/articles/miniCRAN-introduction.html。

您可能还会遇到系统没有构建所有软件包所需的所有依赖项的问题。例如，在 ubuntu 下，您需要安装 libxml2-dev 才能安装 xml 包。为此，您需要使用 ubuntu 的包管理器。如何在气隙系统上做到这一点是另一个问题

【讨论】：