获取运行时运行的所有 R 代码

Question

假设我在脚本中有一堆 R 代码，我想将所有从 .GlobalEnv 运行的 R 代码连同错误和警告消息一起记录到平面文件或数据库中。 我可以编写一个简单的 logme 函数，如下所示，或者通过更改 options(error = mylogginfunction) 使其更复杂以获取错误。

mylogfile <- tempfile()
logme <- function(x){
  mode <- "at"
  if(!file.exists(mylogfile)){
    mode <- "wt"
  }
  myconn <- file(mylogfile, mode)
  writeLines(x, myconn)
  close(myconn)
  invisible()
}

logme(sprintf("%s: started some yadayada, ", Sys.time()))
x <- 10
x * 7
logme(sprintf("%s: done with yadayada", Sys.time()))

## Get the log
cat(readLines(mylogfile))

日志打印出来： 2015-05-14 17:24:31：开始了一些 yadayada，2015-05-14 17:24:31：完成了 yadayada

但我想要的是日志文件写下执行的表达式，而我不必为每个语句编写一个包装器。 我希望日志看起来像。 2015-05-14 17:24:31: 开始了一些 yadayada, x 2015-05-14 17:24:31 : 用 yadayada 完成

所以我的问题是，我如何获取 R 正在执行的内容，以便我可以将执行的表达式存储在日志/数据库中。并且不必在每个表达式之前编写函数调用（如 myhandler(x

Answer 1

要捕获输入命令，您可以使用 addTaskCallback

mylogfile <- tempfile()
addTaskCallback(
    function(...) { 
        expr <- deparse(as.expression(...)[[1]]) # it could handled better...
        cat(expr, file=mylogfile, append=TRUE, sep="\n")
        # or cat(sprintf("[%s] %s", Sys.time(), expr),...) if you want timestamps
        TRUE
    }
    ,name="logger"
)

x <- 10
x * 7

removeTaskCallback("logger")

那么结果是：

cat(readLines(mylogfile), sep="\n")
... addTaskCallback definition ...
x <- 10
x * 7

但是你得到的是 parsed 表达式，这意味着那一行

x+1;b<-7;b==2

将被记录为

x + 1
b <- 7
b == 2

另外：

• 不会记录输出，尤其是控制台中显示的message 或warning
• 如果error日志不会被触发，所以你需要单独的函数来处理它

Answer 2

这可能在每种情况下都很简单，但您可以尝试这样做：

将 myhandler 定义为：

myhandler <- function(x, file = stdout()) {
  expr <- substitute(x)
  for(e_line in as.list(expr)) {
    cat( file = file, as.character(Sys.time()), capture.output(e_line), "\n")
    eval(e_line, envir = parent.frame())
  }
}

将它与括号内的代码一起使用：

myhandler({

  a <- 1
  a <- a + 1
  print(a)

})

结果：

# 2015-05-14 18:46:34 `{` 
# 2015-05-14 18:46:34 a <- 1 
# 2015-05-14 18:46:34 a <- a + 1 
# 2015-05-14 18:46:34 print(a) 
# [1] 2

Answer 3

我承认，当我们在 cmets 中聊了几句时，我并没有真正理解“在运行 R 命令的同一进程中运行表达式”是什么意思。但是，我扩展了我的想法。您可以使用以下行创建一个logGenerator.R 文件：

logGenerator<-function(sourcefile,log) {
  ..zz <- file(log, open = "at")
  sink(..zz)
  sink(..zz, type = "message")
  on.exit({
    sink(type="message")
    sink()
    close(..zz)
  })
  ..x<-parse(sourcefile)
  for (..i in 1:length(..x)) {
    cat(as.character(Sys.time()),"\n")
    cat(as.character(..x[..i]),"\n")
    ..y<-eval(..x[..i])
  }
}

此函数将源文件和日志文件名作为参数。该脚本将获取一个 R 文件，并将记录每条指令的执行时间。然后它将表达式记录在同一个日志文件中。每个输出定向到stdout()，错误消息定向到日志文件。您显然不必以任何方式修改您的源文件。