R - dplyr 中的代码行运行时间

Question

当我想估计 R 代码的运行时间时，我使用函数system.time()。

library(dplyr)

system.time({
    Titanic %>%
        as.data.frame() %>%
        mutate(Dataset = 1) %>%
        bind_rows(as.data.frame(Titanic)) %>%
        mutate_all(funs(replace_na(., NA))) %>% 
        filter(Dataset != 1)
})

# utilisateur     système      écoulé 
#        0.02        0.00        0.02

问题： 有没有办法知道每个操作的运行时间，每个管道之间的操作（mutate，然后是bind_rows，然后是filter，等等）而不需要逐个运行或不写几个@987654329 @?

在这个例子中它没有用，但有时我收到一个很长的脚本，运行时间很长，我想确定哪些操作是最低的。

我做了一些研究，但没有发现有用的东西。

Answer 1

这是对我有用的一个选项（编辑您的 NA 替换，因为 funs 已被软弃用）...诚然，它很长：

library(dplyr)
library(magrittr)
library(tictoc)

Titanic %T>%
  {tic("as.data.frame")} %>%
  as.data.frame() %T>%
  {toc(); tic("mutate")} %>%
  mutate(Dataset = 1) %T>%
  {toc(); tic("bind.rows")} %>%
  bind_rows(as.data.frame(Titanic)) %T>%
  {toc(); tic("replace.na")} %>%
  replace(is.na(.), 0) %T>% 
  {toc(); tic("filter")} %>%
  filter(Dataset != 1) %T>%
  {toc(); tic("head")} %>%
  head() %T>%
  {toc()}

as.data.frame: 0 sec elapsed
mutate: 0 sec elapsed
bind.rows: 0 sec elapsed
replace.na: 0 sec elapsed
filter: 0 sec elapsed
head: 0 sec elapsed
  Class    Sex   Age Survived Freq Dataset
1   1st   Male Child       No    0       0
2   2nd   Male Child       No    0       0
3   3rd   Male Child       No   35       0
4  Crew   Male Child       No    0       0
5   1st Female Child       No    0       0
6   2nd Female Child       No    0       0

Answer 2

您可能对我的包 pipes 中的 %L>% 管道感兴趣：

# devtools::install_github("moodymudskipper/pipes")
library(pipes)
Titanic %L>%
  as.data.frame() %L>%
  mutate(Dataset = 1) %L>%
  bind_rows(as.data.frame(Titanic)) %L>%
  mutate_all(list(~replace_na(., NA))) %L>% 
  filter(Dataset != 1)

# as.data.frame(.)   ~  0.03 sec
# mutate(., Dataset = 1)   ~  0 sec
# bind_rows(., as.data.frame(Titanic))   ~  0 sec
# mutate_all(., list(~replace_na(., NA)))   ~  0 sec
# filter(., Dataset != 1)   ~  0.03 sec
# [1] Class    Sex      Age      Survived Freq     Dataset 
# <0 rows> (or 0-length row.names)

Answer 3

你可以使用包profvis:

library(tidyverse)    
library(profvis)

profvis({
  Titanic %>%
    as.data.frame() %>%
    mutate(Dataset = 1) %>%
    bind_rows(as.data.frame(Titanic)) %>%
    mutate_all(funs(replace_na(., NA))) %>% 
    filter(Dataset != 1)
})