【问题标题】:convergence code 1 (glmer model, lme4 package)收敛代码1(glmer模型,lme4包)
【发布时间】:2020-07-30 19:21:47
【问题描述】:

我正在运行具有三向交互的 glmer 模型,这导致我收到以下警告:

Warning:
In optwrap(optimizer, devfun, start, rho$lower, control = control,  :
  convergence code 1 from nlminbwrap

当省略三向交互时,警告不存在,所以我怀疑它与模型复杂性有关。

不幸的是,警告中没有关于收敛问题性质的进一步信息(模型摘要中也没有),这使得它难以解决。 [我已经尝试了不同的优化器并增加了函数评估的数量]。

有什么方法可以找出convergence code 1 的确切含义吗?另外,我想知道它是否像Model failed to converge 所说的那么严重?我一直在 R 帮助页面和 GLMM 常见问题解答中寻找答案,但似乎找不到任何答案。非常感谢任何帮助!

【问题讨论】:

  • 您能否发布您的模型以及有关您的数据的更多信息?
  • 当然,模型是:model=glmer(Correct_or_incorrect~ (condition|CASE) + condition + sound + syll + condition:sound + condition:syll + syll:sound + condition:sound:syll, dataMelt, control=glmerControl(optimizer="nlminbwrap"), family = binomial)
  • 条件(4 级)、声音(2 级)和音节(2 级)都是受试者内因素,我有 212 名参与者的观察结果。我检查了 4 个条件下(总共 16 个单词)的 4 个单词(2 个不同的音节水平,2 个不同的声级,全因子设计)的正确识别(=“正确或不正确”)。因此,融化的数据框包含约 3400 个观测值。
  • (condition|CASE) 是条件的主体 rsl。

标签: lme4 convergence


【解决方案1】:

好的,所以我在这里做了一些阅读,希望能够帮助一位语言学家。让我们从您在 cmets 中指定的模型开始:

model=glmer(Correct_or_incorrect~ (condition|CASE) + condition + sound + syll + condition:sound + condition:syll + syll:sound + condition:sound:syll, dataMelt, control=glmerControl(optimizer="nlminbwrap"), family = binomial)

警告消息代码没有说任何有用的信息,但来自bobyqaconvergence code 1 至少使用大约超过了函数评估的最大数量。你尝试了多高的迭代次数?您将失去的只是几个小时,所以我会尝试将其设置得非常高,看看警告消息是否消失。您所损失的只是计算机时间,我个人认为对于不发出警告的模型来说这是一个很小的代价。

您还提到,当省略 3 向交互时,警告不存在,我倾向于认为您对模型复杂性的看法是正确的。如果您没有关于该交互的任何具体假设,我会忽略它并完成,但如果您这样做,我认为您还没有提到您已经尝试过的一些选项。

有一个名为allFit() 的函数将使用所有可用的优化器来拟合模型。这将是一种快速简便的方法,可以查看您的估计在所有不同的优化器中是否大致相同。您可以在已经安装好的模型上运行它,如下所示:

allFit(model)

有一个很好的使用 allFit() 的演练,这里有不同的参数:https://joshua-nugent.github.io/allFit/ 这个页面还有很多其他潜在的解决您的问题的方法。

如果可以的话,我会利用多核机器并运行allFit 尽可能多的迭代,看看是否有任何优化器没有给出这个警告,这大概是没有在迭代结束之前最小化损失函数。

【讨论】:

  • 你好语言学家:)!很抱歉现在才回复您的回复,在过去的 1.5 周里,我一直很痛苦。我使用了 (maxfun=100000) ,即使这样也没有帮助。与此同时,我收到了一位统计学家的电子邮件回复。他也怀疑问题可能是三向交互,并建议将其排除在外。事实上,我对交互没有任何假设,而且听到一位语言学同事说将其排除在外似乎是一个不错的选择,这让人放心:)!
  • 我实际上已经尝试过 allFit() 函数,并且每个可用的优化器都有收敛错误消息。但我从未尝试过增加那里的迭代次数,所以这可能是我将来可以做的事情。无论如何,非常感谢您抽出宝贵时间回复并为您提供帮助 - 非常感谢 :)。 (再一次,很抱歉回答迟了。)
  • 没问题,我很乐意提供帮助。在 Bodo Winter 的新统计书中,我将在下面粘贴引文,他特别主张在没有原则性理由时不包括互动。我知道您已经与一位实际的统计学家讨论过它,但这可能是有用的,作为支持一位在定量方法方面受到尊重的语言学家的决定的引文。冬天,B.(2019)。语言学家的统计数据:使用 R. Routledge 的介绍。
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