寻找 2 型 Anova（混合效应模型）的事后

Question

我的问题是如何在 2 型 Anova（混合效应模型）上运行 post hoc？到目前为止，我正在使用“lme4”包中的glmer()，“car”包中的Anova()，并尝试从“agricolae”包中运行 HSD 测试。

搜索了一段时间后，这是我能找到的最好的，但是，这样做时我收到一条错误消息。有谁知道如何解决这个问题或我做错了什么？还是另一种方式？

library(lme4)
totaldiversity.model <- glmer(totaldiversity ~ focalspecies + (1|site), family = "poisson", data = data, na.action=na.fail)
library(car)
totaldiv.anova = Anova(totaldiversity.model, type = "II")
library(agricolae)
totaldiv.tukey = HSD.test(totaldiv.anova, "focalspecies", group=TRUE, console=TRUE)

出现的错误信息：Error in HSD.test(totaldiv.anova, "focalspecies", group = TRUE, console = TRUE, : argument "MSerror" is missing, with no default

提前谢谢你！

Answer 1

我点击了 Ben Bolker (Post-hoc test for glmer) 发布的链接，该链接引导我使用 multcomp 包中的 glht() 函数。这就是在glmer() 混合效应模型上进行多重比较分析 (Tukey) 的解决方案，该模型具有 2 型 Anova。需要“multcomp”、“lme4”和“car”包。

totaldiversity.model <- glmer(totaldiversity ~ focalspecies + (1|site), family = "poisson", data = data, na.action=na.fail)
summary(totaldiversity.model)
Anova(totaldiversity.model, type = "II")
summary(glht(totaldiversity.model, mcp(focalspecies="Tukey")))

谢谢大家！

Answer 2

从HSD.test 的文档中，y 是“模型（aov 或 lm）或实验单元的答案”。这很可能意味着您应该发送它totaldiversity.model：

HSD.test(totaldiversity.model, "focalspecies", group=TRUE, console=TRUE)