ggplot2 定义了 Y 轴和箱线图答案

【问题标题】：ggplot2 defined Y-axis and boxplotggplot2 定义了 Y 轴和箱线图
【发布时间】：2019-09-02 22:50:04
【问题描述】：

我想使用 ggplot2/facet_wrap 将 6 个基因的 PCR 值绘制成多个条形图。 (1) 绘图的 y 轴显示特定值，小数位较长时看起来很尴尬。 (2) 当我使用 facet_wrap 时，箱形图不可见。

代码：

PCR <- read_excel("2019-09 qPCR.xlsx", 1)
PCRvar <- melt(data = PCR, id.vars = 1)   #listed the variables 
ggplot(data = PCRvar, mapping = aes(x = Group, y = value, fill = Group)) + 
facet_wrap(~variable) + 
geom_boxplot()

文件：Excel、绘图 http://ge.tt/5yTvCtx2

问题：

(1) 我只想显示特定值。我们能否定义 y 轴范围和区间（示例范围：-5 到 +5，区间=0.5）？

(2) 箱形图不可见？谁能提供解决方案。

【问题讨论】：

看起来您的 y 轴值是类型因子，而不是数字。请注意，有些值包含字符 - 默认情况下，这些值将作为因子读取。这解释了轴标签的外观和箱线图问题。
非常感谢您的宝贵时间。

标签： r ggplot2

【解决方案1】：

有关 y 轴范围，请参阅 ?ylim 或 ?scale_y_continuous。

您的下一个问题是 reshape2::melt() 使用不正确，因此您在 value 列中有包含字符的值：

reshape2::melt(PCR, id.vars = 1) %>% str()

'data.frame':   42 obs. of  3 variables:
 $ Group   : chr  "Basal" "Basal" "Basal" "TGFb" ...
 $ variable: Factor w/ 7 levels "Treatment","P14",..: 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 ...
 $ value   : chr  "Basal_1" "Basal_2" "Basal_3" "TGFb_1" ...

我建议改为tidyr::gather()。

library(tidyr)
library(ggplot2)

PCR %>% gather(Var, Val, -Group, -Treatment) %>% str()

Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame':   36 obs. of  4 variables:
 $ Group    : chr  "Basal" "Basal" "Basal" "TGFb" ...
 $ Treatment: chr  "Basal_1" "Basal_2" "Basal_3" "TGFb_1" ...
 $ Var      : chr  "P14" "P14" "P14" "P14" ...
 $ Val      : num  0 0 0 3.02 2.87 ...

Boxplot 现在应该给出预期的结果：

PCR %>% 
  gather(Var, Val, -Group, -Treatment) %>% 
  ggplot(mapping = aes(x = Group, y = Val, fill = Group)) + 
  facet_wrap(~Var) + 
  geom_boxplot()

但是：考虑到值的数量很少以及许多控件 = 0 的事实，我建议显示单个观察结果而不是使用箱线图：

PCR %>% 
  gather(Var, Val, -Group, -Treatment) %>% 
  ggplot(mapping = aes(x = Group, y = Val, color = Group)) + 
  facet_wrap(~Var) + 
  geom_jitter(width = 0.2)

【讨论】：

非常感谢您的快速回答#neilfws。我是生物学家。正在学习 R 并在周末努力解决它。爱和非常感谢:)
不客气。我也是生物学家，很久以前学习R :) 坚持下去，值得努力。
太好了，谢谢。
另一个问题是，在我向表格添加更多条件以绘制单个箱线图后，x 轴与数据框中的顺序不同。代码：PCR % ggplot(mapping = aes(x = Group, y = P14, fill = Group)) + geom_boxplot().
我从 stackoverflow 较早的帖子中尝试了不同的解决方案，例如 aes(x=reorder(Group, P14), y=P14, fill=Group)) 或 aes(fct_infreq(factor(Group)), y =P14, fill=Group))，但他们按字母顺序对 x 轴进行了排序。您能否建议获得 excel 中的预期顺序：Basal、ATII-100、ATII-200、TGFb、TNFa。