使用 Hmisc 和 sf 包时出现 r 单位错误答案

【问题标题】：r units error when using Hmisc and sf packages使用 Hmisc 和 sf 包时出现 r 单位错误
【发布时间】：2018-01-05 16:31:40
【问题描述】：

在我加载 sf 包后尝试获取字段的单位属性时出现错误。

下面是一个可重现的例子。

library(Hmisc)

fail.time <- c(10,20)
units(fail.time) <- "Day"

library(sf)
units(fail.time) <- "Day"

 Error: inherits(value, "units") || inherits(value, "symbolic_units") is not TRUE

如果我指定了包和函数，我会得到错误，一个不同的错误消息

Hmisc::units(fail.time) <- "Day"

Error: 'units<-' is not an exported object from 'namespace:Hmisc'

如何解决这个错误

【问题讨论】：

标签： r function hmisc sf

【解决方案1】：

通常我觉得 LyzanderR 的回答很有帮助。这次没有那么多。该问题提出了一条错误消息，显然 not 来自 Hmisc::units<- 函数，因为它不是在 units(fail.time) <- "Day" 的第一个实例中发生，而是在加载 pkg:sf 之后发生.如果您查看sf 的说明文件，您会发现它有Imports:units。事实上，正是units::unit<-.numeric 引发了最初的神秘错误。如果你重启 R 时只加载了 Hmisc（而不是 sf），你会看到只有两个 units<- 方法：

> methods(`units<-`)
[1] units<-.default  units<-.difftime
see '?methods' for accessing help and source code

如果您加载 sf 包，您现在可以看到抛出错误的是（新加载的）units::units<-.numeric 函数，因为该包是由 sf 加载的，并且实际上没有预先存在的 @ 987654330@ 版本的函数，对现有函数的域进行了“屏蔽”（更准确地说是“转移”），并且没有自动生成警告。

> library(sf)
Linking to GEOS 3.6.1, GDAL 2.1.3, proj.4 4.9.3
> methods(`units<-`)
[1] units<-.default  units<-.difftime units<-.numeric* units<-.units*  
see '?methods' for accessing help and source code
> getAnywhere(`units<-.numeric`)
A single object matching ‘units<-.numeric’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for units<- from namespace units
  namespace:units
with value

function (x, value) 
{
    stopifnot(inherits(value, "units") || inherits(value, "symbolic_units"))
    if (inherits(value, "units")) 
        value <- units(value)
    attr(x, "units") = value
    class(x) <- "units"
    x
}
<environment: namespace:units>

包的维护者现在意识到我们中的一些人感到困惑：

 maintainer('sf')
[1] "Edzer Pebesma <edzer.pebesma@uni-muenster.de>"

【讨论】：

感谢@42- 的提及。我想我的回答并不清楚我什至没有查看sf 错误。我的回答仅涵盖第二个错误，甚至没有加载 sf 库。如果你不加载 sf 那么 Hmisc::units(fail.time, "Day") 实际上会被调用，但我会确保它是清晰的。
没有屏蔽：units<-.default 在Hmisc，units<-.numeric 在units（由sf 加载）。由于fail.time 是数字，因此在加载sf 后，会选择units<-.numeric 方法，因为它与它的类匹配。
我（最终）确实意识到units.numeric 版本是新的，这可能是没有警告的原因。我最终发现错误的原因是 ud_units 列表中存在一组固定的单位值，该列表作为加载 sf 包的副作用而被加载（没有真正的通知）。我认为错误消息应该清楚地查看?units::ud_units（一旦该帮助页面确实有用。）

【解决方案2】：

我将在下面讨论Error: 'units<-' is not an exported object from 'namespace:Hmisc' 错误，而忽略sf 错误，这在42-'s anwser 中有介绍。

units<- 是一个替换函数。这些是您在函数位于赋值运算符左侧时看到的特殊函数，例如：

units(fail.time) <- "Day"

所以，无论如何你都不需要Hmisc::units。我最初的猜测是你需要units<-。但这显然不是从Hmisc导出的（您也可以在错误中看到）。您真正需要的是从Hmisc 导出的反直观units<-.default 方法。这有效：

fail.time <- c(10,20)
Hmisc::`units<-.default`(fail.time, "Day")
#[1] 10 20
#attr(,"units")
#[1] "Day"

当您使用units(fail.time) <- "Day" 时，上面是您实际调用的内容。

为了完成，这就是units<-.default 的样子：

`units<-.default`
#function (x, value) 
#{
#    attr(x, "units") <- value
#    x
#}
#<environment: namespace:Hmisc>

【讨论】：