为什么R无法访问生物导体存储库的索引

Question

在尝试安装 bioconductor（用于安装 phyloseq 包）时，我收到几条警告和错误消息

几天前我得到了一个新硬盘，所以我不得不重新安装所有程序，包括 R 以及我通常需要的所有软件包。在我尝试使用 bioconductor 之前，一切都很好。

我正在使用之前为我制定的推荐代码： 来源('http://bioconductor.org/biocLite.R') biocLite('phyloseq')

我得到的错误信息是：

使用 Bioconductor 3.7 (BiocInstaller 1.30.0)、R 3.6.0 (2019-04-26)。 安装路径不可写，无法更新包：集群， nlme 更新包'bipartite'警告：无法访问索引 存储库 https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/bin/windows/contrib/3.6:
无法打开网址 'https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/bin/windows/contrib/3.6/PACKAGES

那么显然有几个问题？

1. 由于错误的 libpath 和某些包无法更新
2. R 无法打开生物导体主页

感谢您的建议！

Answer 1

Bioconductor 与特定版本的 R 相关联。您尝试在不匹配的 R (3.6) 版本上使用 Bioconductor (3.7) 版本。版本之间有一个map，但根本问题是您正在使用 R-3.5 库，希望它们能在 R-3.6 中工作。您应该使用特定于 R-3.6 的安装来“重新开始”。此外，“BiocInstaller”已替换为 BiocManager；您的“推荐代码”已过期，如包裹 landing pages 所示。

如果您想继续使用以前的库安装（请注意，这是一条单行道——您将放弃可用的 R-3.5 安装），请尝试删除所有版本的 BiocVersion 和 BiocInstaller 软件包。 .

remove.packages(c("BiocVersion", "BiocInstaller")) # repeat 'till all removed

无论是从新库开始还是在删除以前版本的 BiocVersion / BiocInstaller 后，从 CRAN 安装 BiocManager

install.packages("BiocManager")

开始你的事业

BiocManager::install("phyloseq")

确保验证您的安装，以免混合来自不同 Bioconductor 版本的软件包

BiocManager::valid()

查看当前包登陆页面，例如phyloseq 或installation 页面。