【发布时间】：2021-12-04 01:45:33
【问题描述】：
我最近更新了我的 macOS、R 和 R 工作室。新版本如下：
MacOS：macOS Big Sur，版本 11.6
R：4.1.1 (2021-08-10) -- “踢东西”
R Studio：2021.09.0 Build 351“Ghost Orchid”版本 077589bc，2021-09-20)，适用于 macOS）
我经常使用 Bioconductor 提供的包 DESEQ2：
Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution。但是，更新后，当我运行命令（对于 R 版本 4.1）重新安装 DESEQ2:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")
我现在在安装过程中收到以下错误（多行说明）：
警告：无法访问存储库https://bioconductor.org/packages/3.13/bioc/src/contrib 的索引： 无法打开 URL 'https://bioconductor.org/packages/3.13/bioc/src/contrib/PACKAGES'
DESEQ2 将因此无法加载。此外，当我导航到错误中的链接时 - 它是一个错误：Page Not Found
就上下文而言，我已经能够通过BiocManager::install() 下载其他软件包，更新后没有问题。
有谁知道我如何绕过这个来安装DESEq2？
【问题讨论】：
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我很好奇 Bioconductor 是否正在做一些更新。当我点击您发布的链接时，我实际上得到的是“禁止访问”而不是“找不到页面”
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有趣。我再次点击链接，它工作，但不是安装。也许它正在经历一些更新或维护或不稳定的事情。我明天再试试下载。谢谢你的建议。我想你可能是对的。
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其实很奇怪。当你提出这个问题时。我尝试在我的两台具有相同设置的设备上下载 DESeq2。我使用了与您相同的命令，一台设备在下载软件包时出现问题，而我在 30 分钟后开始下载的第二台设备在下载 DESeq2 时没有问题
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Neuron：好的——这个周末我已经弄清楚了。从我的角度来看，我在计算机的后台激活了一个防火墙，它不允许访问下载所需的
Bioconductor索引库DESEQ2。一旦我关闭它，我就可以毫无问题地下载DESEQ2。非常感谢您尝试帮助我。非常感谢。
标签： r installation package bioinformatics bioconductor