【问题标题】：Error in hclust(d, method = method) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)hclust(d, method = method) 中的错误：外部函数调用中的 NA/NaN/Inf (arg 11)
【发布时间】：2017-11-03 23:06:29
【问题描述】：

我对 RStudio 真的很陌生，并且拼命想掌握这一切，所以如果这是一个愚蠢的问题，我深表歉意。我正在尝试使用 pheatmap 为我的 RNA Seq 数据集生成热图，但是我又遇到了一些错误。我的数据如下所示：

我正在尝试使用下面的代码，该代码取自另一个用户。

热图代码

pheatmap(
  mat               = mydata,
  color             = inferno(10),
  border_color      = black,
  show_colnames     = FALSE,
  show_rownames     = FALSE,
  annotation_col    = mydata$sample_1,
  annotation_colors = mydata$value_1,
  drop_levels       = TRUE,
  fontsize          = 10,
  main              = "Default Heatmap")

当我将其输入系统时，我收到此错误： hclust(d, method = method) 中的错误：外部函数调用中的 NA/NaN/Inf (arg 11) 另外：警告信息： 1：在 dist(mat, method = distance) 中：强制引入的 NA 2：在 dist(mat, method = distance) 中：强制引入的 NAs

我曾尝试寻找答案，但很难将其与我的数据联系起来。我查看了我的数据框，这似乎是对此类错误的响应，但是似乎没有任何明显的原因导致我的问题。我在下面给了你我的数据框，所以你可以看到我在说什么。如果我遗漏了什么，请告诉我。

'data.frame':   6436 obs. of  15 variables:  
$ test_id          : Factor w/ 1517 levels "ABCA6","ABCA8",..: 273 370 273    
$ sample_1       : Factor w/ 5 levels "BAMBI_kd","BAMBI_PPARg_kd",..: 1 2 5    
$ sample_2         : Factor w/ 5 levels "BAMBI_kd","BAMBI_PPARg_kd",..: 3 3     
$ status           : Factor w/ 1 level "OK": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...  
$ value_1          : num  0.0872 0.0894 0.098 0.099 0.099 ... 
$ value_2          : num  0.482 0.475 0.482 1.224 1.506 ...  
$ log2.fold_change.: num  2.47 2.41 2.3 3.63 3.93 ...  
$ test_stat       : num  2.37 1.86 2.32 3.45 3.74 ...  
$ p_value          : num  0.00045 0.0006 0.0006 0.00005

谢谢您，我期待您的回复。

【问题讨论】：

一般mat 是一个由 n 细胞组成的 m 基因的数字矩阵

标签： r

【解决方案1】：

我不确定这在创建热图时是否适用，但在尝试使用 rcorr() 和 corrplot() 创建视觉相关矩阵时出现此错误。我没有 NA、NaN 或 Inf，但我意识到我的一个变量只有 0（或所有相同的值）。通过从数据集中过滤该变量来修复。

【讨论】：