pheatmap scale="row" 在 hclust(d, method = method) 中给出错误：外部函数调用中的 NA/NaN/Inf答案

【问题标题】：pheatmap scale="row" giving Error in hclust(d, method = method) : NA/NaN/Inf in foreign function callpheatmap scale="row" 在 hclust(d, method = method) 中给出错误：外部函数调用中的 NA/NaN/Inf
【发布时间】：2015-08-01 17:54:02
【问题描述】：

我正在尝试使用 R 中的 pheatmap 包创建带有基因表达值的热图。我已经多次使用该代码，直到今天才出现问题。似乎当我执行 scale="row" 时，我最终遇到了这个错误。我无法创建 z 分数。所以可能有些行没有发生这种情况的可变性。我怎样才能摆脱这个。该矩阵有 1100 行和 9 列。我的代码：

data  <- read.table("~path/DEGs_DESeq.txt",sep="\t")
data2 <- as.matrix(data[,2:9])
data3 <- data2[-1,]
samples <- data2[1,]
genes <- data[2:length(data2[,1]),1]
vett <- as.numeric(data3)
data4 <- matrix(vett, length(genes), length(samples), dimnames=list(paste(genes),paste(samples))) 
head(data4)

pheatmap(as.matrix(data4), col=bluered(200), scale="row", key=T, keysize=1.5,
    density.info="none", trace="none",cexCol=0.6, fontsize_row=8, fontsize_col=10)

hclust(d, method = method) 中的错误：外部函数调用中的 NA/NaN/Inf (arg 11)

我怎样才能摆脱这个错误？

【问题讨论】：

我遇到了同样的问题，您的评论对解决问题很有帮助。您应该将其列为答案。这也是我使用的代码：counts_filtered_df <- counts_df[apply(counts_df, MARGIN = 1, FUN = function(x) sd(x) != 0),]

标签： r heatmap scaling na pheatmap

【解决方案1】：

我实际上已经解决了.. 在执行 z 分数计算时，我必须删除没有出现 SD 的行，并重建热图。谢谢

【讨论】：

请向没有您的数据集的其他人解释一下（因此无法重现此数据）为什么 pheatmap(..., scale="row") 没有计算某些 SD？是分组吗？它是大小为 1 的组吗？您的数据集实际上是否在任何行中有 NA？否则这个问题不是可重复使用的资源。
我不是 OP，但遇到了类似的问题。在我检查了非数字和 NA 值的数据集中，问题是每一列中都有几行具有相同的值。对于这些，SD 为 0，这搞砸了行缩放。删除这些行解决了问题。
感谢 Max 带头解决评论问题。真的很感激。我分享了相同的答案，因为我解决了自己的问题。如果不够清楚，请道歉，但 Max 确实澄清了。

【解决方案2】：

您可能在数据框中拥有所有具有0 值的行

【讨论】：