【问题标题】:Clear explanation of NMDS ordination standard deviation ellipses and confidence intervals清楚地解释 NMDS 排序标准差椭圆和置信区间
【发布时间】:2020-04-14 18:25:37
【问题描述】:

我正在寻找关于如何正确解释 NMDS 图上的排序椭圆以及该解释如何随着用户选择的不同置信水平和椭圆“种类”(例如标准误差与标准偏差)而变化的清晰解释。具体来说,我使用的是vegan 包中的ordiellipse() 函数。

例如,在我的 NMDS 图中,我的数据按具有三个水平的因子分组。我可以使用ordiellipse() 指定kind='sd'conf=.60 绘制三个单独的排序椭圆,它们包含我的大部分但不是全部的点,让我了解每个组内点的质心和分布。但我正在努力准确地表达这些椭圆代表什么。他们是否意味着我们有 60% 的信心,每组的真实平均值位于其椭圆内?或者我们有 60% 的把握认为每组的平均值 + 1 个标准差位于其椭圆内?还是完全不同的东西?如果我在ordiellipse() 中更改置信水平conf,这种解释会如何变化?还是从 SD 到 SE 的椭圆 kind

【问题讨论】:

  • 我投票结束这个问题,因为它与编程无关。

标签: vegan mds


【解决方案1】:

我会发表评论,但我距离这样做还有 1 名声望。有关ordiellipse() 计算的详细信息,请查看 Gavin Simpson 对此问题的回答

https://stats.stackexchange.com/questions/34017/confidence-intervals-around-a-centroid-with-modified-gower-similarity

【讨论】:

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