如何使用“如何”功能进行不平衡的重复设计

Question

我有一组多年来采样的对照和处理地块。我在 vegan 包中运行 prc 函数，并希望执行置换测试以检查多年来控制地块与处理地块是否显着不同。由于我的数据不平衡，我无法使用 strata 功能。我的代码如下：

library(vegan)
year=as.factor(c(rep(1995,8),rep(1999,8),rep(2001,8),rep(2013,4),rep(1995,4),
       rep(1999,4),rep(2001,4),rep(2013,4)))
treatment=as.factor(c(rep("control",28),rep("treated",16)))

我已经写了这个，但我确定它是错误的，因为这里缺少处理：

h1 <- how(within = Within(type = "series", mirror = F),
          blocks = year, nperm = 999
)

非常感谢任何建议。

Answer 1

在原假设下，来自control 或treated 组的样本是可交换的，因此您不希望它们出现在排列设计中；您真的想对它们进行排列以生成基于排列的空分布以用于测试统计量。

排列设计是为了表明什么是不可可交换的。

您还没有解释为什么要在块中内按顺序排列样本；为什么几年内的样本也是时间序列？如果他们不是，你不想要这个。

如果你想置换strata，你只需要担心不平衡。虽然使用blocks 在某些方面与strata 相似，但blocks从不置换，所以如果你可以使用blocks，你可以使用strata，因为你不会置换它们.

如果您想将years 置换为样本组，则需要strata 并且需要year 级别的余额，而您没有。

您在调用how() 时定义的是：

• 按year 对样本进行分组，因此样本永远不会在年之间交换，并且
• year 级别内的样本将按顺序排列，在应用循环移位排列后保持它们的时间顺序不变。

如果这不是你想做的，你需要用文字解释你想做什么。 “做”我的意思是你想测试什么？你在vegan中的模式是什么？