将目录中的所有 Rdata 文件与其中的同名对象合并

Question

My data 我想将我的 Rdata 文件合并到一个具有相同对象名称的文件中，并保存到一个目录中的新组合 Rdata 文件中，有些人认为像 similar to this thread 但无法做到这一点得到错误任何人请提出任何简单的建议在 R 中做到这一点的方法我是 R 的新手，无法弄清楚。

all.files = c("data1.Rdata", "data1.Rdata", "data1.Rdata")

mylist<- lapply(all.files, function(x) {
  load(file = x)
  get(ls()[ls()!= "filename"])
})

names(mylist) <- all.files

Answer 1

如果我理解正确，您希望将所有 .RData 合并到一个 data.frame 中。

一种选择是列出工作目录中扩展名为 .RData 的所有文件，使用 rbind 加载和组合它们：

ll <- list.files(pattern = '.RData')

res <- do.call(rbind,
               lapply(ll, function(x) {
                 
                 load(file = x)
                 get(ls())
               }))

不，我们可以检查前 6 行。

head(res)

#     chrom     start       end                gid         gname                tid strand
#32590   chr7  45574608  45574777 ENSMUSG00000085214 0610005C13Rik ENSMUST00000130094      -
#109006  chr4 154023688 154023891 ENSMUSG00000078350 1190007F08Rik ENSMUST00000143047      -
#475764 chr15  83365029  83365513 ENSMUSG00000075511 1700001L05Rik ENSMUST00000178628      -
#448806 chr13  31567474  31567610 ENSMUSG00000038408 1700018A04Rik ENSMUST00000150418      -
#11159   chr6 147694981 147695041 ENSMUSG00000085077 1700049E15Rik ENSMUST00000152737      +
#339243 chr12  22958352  22960254 ENSMUSG00000073164 2410018L13Rik ENSMUST00000149246      -
#             class biotype byname.uniq bygid.uniq
#32590  altAcceptor lincRNA        TRUE       TRUE
#109006 altAcceptor lincRNA        TRUE       TRUE
#475764 altAcceptor lincRNA        TRUE       TRUE
#448806 altAcceptor lincRNA        TRUE       TRUE
#11159  altAcceptor lincRNA        TRUE       TRUE
#339243 altAcceptor lincRNA        TRUE       TRUE

也是倒数6：

tail(res)
#       chrom     start       end                gid gname                tid strand
#189235  chr6  90373711  90373841 ENSMUSG00000034430  Zxdc ENSMUST00000113539      +
#563026 chr11  72916473  72916587 ENSMUSG00000055670 Zzef1 ENSMUST00000069395      +
#563046 chr11  72916473  72916587 ENSMUSG00000055670 Zzef1 ENSMUST00000152481      +
#158407  chr3 152449013 152449128 ENSMUSG00000039068  Zzz3 ENSMUST00000106101      +
#158450  chr3 152449013 152449128 ENSMUSG00000039068  Zzz3 ENSMUST00000106103      +
#158465  chr3 152449016 152449128 ENSMUSG00000039068  Zzz3 ENSMUST00000089982      +
#             class        biotype byname.uniq bygid.uniq
#189235 altAcceptor protein_coding       FALSE      FALSE
#563026 altAcceptor protein_coding       FALSE      FALSE
#563046 altAcceptor protein_coding       FALSE      FALSE
#158407 altAcceptor protein_coding       FALSE      FALSE
#158450 altAcceptor protein_coding       FALSE      FALSE
#158465 altAcceptor protein_coding       FALSE      FALSE

你可以检查尺寸。

dim(res)
#24279    11

编辑

这适用于R 4.0.3。似乎如果 R 4.1.1. 失败。我将使用新的解决方案编辑答案。

Answer 2

我通常使用循环来执行此操作：

FileVector <- c("data1.Rdata", "data1.Rdata", "data1.Rdata")
Res <- vector(mode = "list",
              length = length(FileVector))

for (m1 in seq_along(FileVector)) {
  FilesLoaded <- load(file = FileVector[m1],
                      verbose = FALSE)
  if ("filename" %in% FilesLoaded) {
    Res[[m1]] <- get("filename")
  }
  rm(list = FilesLoaded)
}

这给了我们一个列表，我们可以在循环中添加其他检查来说明，不要在任何列中添加具有某些值的数据，或者我们也可以检查每条新数据以确保某些列名是展示。如果您有现实世界的顾虑，例如某些数据文件未正确生成，您也可以将您的 load() 呼叫包装在 try() 呼叫中。然后我们就和do.call()一起猛击

# Null positions will be dropped
Res <- do.call(rbind,
               Res)

使用list.files() 之类的内容构建文件名向量并指定pattern = 参数通常是有利的。

通常看起来像这样：

FileVector <- list.files(path = "~/my/directory",
                         full.names = TRUE,
                         pattern = "mypattern")