检索 rData 文件中所有 data.frame 类对象的路径

Question

我有多个 .rData 文件，其顶级全局环境变量是 data.frames、列表、深度嵌套列表的混合。我知道许多嵌套列表中都有 data.frame 类型，但我无法检索到它们的路径。

我之前在使用以下代码的另一种类型的课程中遇到过类似的问题

names(rapply(mget(ls(.GlobalEnv), envir=.GlobalEnv), length, classes="fluor.spectral.data", how="unlist"))

虽然不是最优雅的解决方案，但它很快就达到了我的需要。返回诸如“Fluor.Spec.WA.M12.SC.13”之类的名称，然后允许我在格式化“。”后操纵对象。进入'$'。

谁能帮我检索到所有 data.frame 类类型的路径，嵌套或以其他方式在高度可变的 .rData 文件中？提前致谢

Answer 1

如果您想返回全局环境中加载的所有 data.frames，无论是作为单个对象还是作为嵌套列表的元素，请在 rrapply-package 中使用 rrapply（基础 rrapply 的扩展） .

library(rrapply)

w <- data.frame(1)
x <- list(1, 2, 3)
y <- 5
z <- list(1, 2, list(1, df = data.frame(a = 1, b = 2)))

rrapply(as.list(.GlobalEnv), classes = "data.frame", how = "flatten")
#> $w
#>   X1
#> 1  1
#> 
#> $df
#>   a b
#> 1 1 2

设置classes = "data.frame" 可避免递归到data.frame 列（就像基本rapply 一样），how = "flatten" 会将收集到的data.frames 作为扁平列表返回。

注意：如果要返回找到的 data.frames 的完整对象路径，请设置 how = "prune" 而不是 how ="flatten"：

rrapply(as.list(.GlobalEnv), classes = "data.frame", how = "prune")
#> $w
#>   X1
#> 1  1
#> 
#> $z
#> $z[[1]]
#> $z[[1]]$df
#>   a b
#> 1 1 2

---

编辑：为了也返回存在于某些 S4 类插槽中的 data.frames，扩展上述调用的一种可能方法是：

## define S4-class with a data.frame in "df" slot
userClass <- setClass("user", slots = c(df = "data.frame"))
v <- userClass(df = data.frame(user = 1))

rrapply(as.list(.GlobalEnv), 
                   classes = c("data.frame", "user"), 
                   f = function(x) {
                     if(class(x) == "user") {
                       slot(x, "df")
                     } else {
                       x
                     }
                   },
                   how = "flatten")
#> $v
#>   user
#> 1    1
#> 
#> $w
#>   X1
#> 1  1
#> 
#> $df
#>   a b
#> 1 1 2

在这种情况下，classes = c("data.frame", "user") 将检查 "user" 类的 data.frames 和 S4 对象。应用于对象的f 函数，如果它是一个data.frame，则返回对象本身；如果它是一个S4 对象，则返回"df" 槽。

请注意，此代码假定 S4 类名称以及包含 data.frame 对象的插槽是已知的。