【问题标题】:Error in cv.glmnet for poisson with an offsetcv.glmnet 中带有偏移量的泊松错误
【发布时间】:2017-10-05 14:32:50
【问题描述】:

我在尝试使用 offset 在 glmnet 上为 family = poisson 运行交叉验证时遇到错误。

我设法通过以下非常简单的示例复制了错误:

library(glmnet)

#poisson
N=500; p=20
nzc=5
x=matrix(rnorm(N*p),N,p)
beta=rnorm(nzc)
f = x[,seq(nzc)]%*%beta
mu=exp(f)
y=rpois(N,mu)
exposure=rep(0.5,length(y))

#cross validation
cv=cv.glmnet(x,y,family="poisson",offset=log(exposure),nlambda=50,nfolds=3)

返回以下错误:

错误:没有为预测提供新的偏移量,但使用了适合的偏移量 glmnet

我无法弄清楚我在这里做错了什么。并且无法在互联网上找到任何帮助。有人有想法吗?

非常感谢!

编辑:此问题已过时,并与glmnet 软件包的2.0-12 版本相关联 - 更新至2.0-13 版本时已修复

【问题讨论】:

    标签: r cross-validation poisson glmnet offset


    【解决方案1】:

    这有效: predict(cv,x,newoffset=log(exposure))

    来自glmnetoffset 参数的文档:

    如果提供,那么值也必须提供给预测 功能。

    【讨论】:

    • 感谢您的回复,我的错误实际上是在建模上,而不是在预测上。我能问一下您使用的是哪个版本的 glmnet 软件包吗?我感觉可能是因为我的版本(2.0-12)。
    • 你发布的代码在glmnet_2.0-13上为我运行而没有错误
    • 您发布的错误仅针对predict 显示,但是,模型不适合 - 您确定您不是在您发布的代码行之后尝试运行predict 吗?跨度>
    • 好的,我会更新并通知您。非常感谢!过去几天这一直困扰着我,我从来没有想过它可能会链接到一个包版本。
    • 好的,将软件包更新到 2.0-13 版本,现在一切正常。 2.0-12 版本只在 CRAN 上发布了几天,所以我猜他们意识到有一些错误!非常感谢。
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