我正在尝试使用 R 包 R2BayesX 拟合多状态模型。我怎样才能正确地做到这一点？手册中没有示例。这是我的尝试。
f <- activity ~ sx(time,bs="baseline")+sx(PatientId, bs="re")
b <- bayesx(f, family = "multistate", method = "MCMC", data=df)
注意：创建了新的输出目录
警告信息：
在 run.bayesx(file.path(res$bayesx.prg$file.dir, prg.name = res$bayesx.prg$prg.name), :
BayesX 运行时出错，请检查 BayesX 日志文件！
【问题讨论】：
我不确定您究竟要指定哪种模型，但我尝试提供一个人为的无意义数据集以使上述错误可重现：
set.seed(1)
df <- data.frame(
activity = rbinom(1000, prob = 0.5, size = 1),
time = rep(1:50, 20),
id = rep(1:20, each = 50)
)
您可以提供一个改进的示例。然后我就可以运行你的代码了：
library("R2BayesX")
f <- activity ~ sx(time, bs = "baseline") + sx(id, bs = "re")
b <- bayesx(f, family = "multistate", method = "MCMC", data = df)
这会导致上面的警告，您可以通过以下方式检查 BayesX 的日志文件：
bayesx_logfile(b)
告诉你（以及其他信息）：
ERROR: family multistate is not allowed for method regress
所以这里似乎只支持 REML 估计，但是：
b <- bayesx(f, family = "multistate", method = "REML", data = df)
也会导致错误，日志文件显示：
ERROR: Variable state has to be specified as a global option!
因此必须以不同的方式提供状态。我猜你试图通过二进制响应来做到这一点，但似乎响应应该是时间变量（如在生存模型中），然后需要以某种方式提供额外的状态指示器。不过，我在 BayesX 手册中找不到这方面的示例。我建议您联系 BayesX 邮件列表和/或 R2BayesX 软件包维护者，提出更具体的问题和可重现的示例。
【讨论】：