如何使用函数在 R 中运行一堆模型

【问题标题】：How to run a bunch of models in R using a Function如何使用函数在 R 中运行一堆模型
【发布时间】：2020-05-15 22:27:06
【问题描述】：

library(survival)
justices <- read.csv("http://data.princeton.edu/pop509/justices2.csv")
PREDS = c("age", "year")
m = coxph(Surv(tenure, event == 1) ~ age + year, data = justices)
summary(m)

exp(coef(m)[1])
exp(confint(m,level=(1-0.05/1))[1,])


DVMOD <- function(PREDS, data){
  t <- coxph(paste0("Surv(tenure, event == 1) ~ "), PREDS + number + name, data = data)
  return((c(PREDS, coef(t)[1], confint(t)[1,])))
}

all_models <- lapply(PREDS,DVMOD, PREDS = PREDS, data=justices)

我希望为 PREDS 中的每个变量运行单独的 coxph 模型，然后存储该变量的名称及其风险比和置信带。

【问题讨论】：

PREDS 在哪里定义为 DVMOD 函数之外的变量列表？
@Len Greski 我更新了对不起！
你研究过 tidymodels 吗？我知道这是运行一堆模型的整洁方法。

标签： r lapply sapply mapply survival

【解决方案1】：

如果您使用as.formula() 转换公式字符串，您可以更改DVMOD() 函数中的自变量，如下所示：

DVMOD <- function(PREDS, data){
     theFormula <- paste("Surv(tenure, event == 1) ~ ",PREDS," + number + name")
     t <- coxph(as.formula(theFormula), data = data)
     return((c(PREDS, coef(t)[1], confint(t)[1,])))
}
DVMOD("age",justices)
all_models <- lapply(c("age"),function(x,y){
     DVMOD(x,y)
},justices)

由于year 的模型不收敛（即直接使用year 作为year 的值调用DVMOD() 时失败），具有2 个变量的lapply() 失败，但它适用于@ 987654329@。

...和输出：

> all_models
[[1]]
                                    age               2.5 %              97.5 % 
              "age"  "24.4400841925434" "-20.8849057264629"  "69.7650741115497" 

>

【讨论】：