使用 R-INLA 运行混合效应模型时出现错误消息答案

【问题标题】：Error message when running mixed effect models using R-INLA使用 R-INLA 运行混合效应模型时出现错误消息
【发布时间】：2020-09-07 13:47:39
【问题描述】：

我正在使用 R-INLA 运行以下模型（Treatment、Animal.1 和 Animal.2 是因子，Encounter.Length 是连续的）：

formula <- Encounter.Length ~ Treatment +f(Animal.1, model = "iid", n = n.animal) + 
           f(Animal.2, copy = "Animal.1")

m.1 <- inla(formula, data = inla.dat)

但是，运行此代码后，我收到以下错误消息：

inla 中的错误（公式，数据 = inla.dat）：在 f(Animal.1) 中：“协变量”必须匹配“值”，并且两者都必须是“数字”或“因子”/“字符”。

我是使用 INLA 的新手，想知道此错误消息的含义以及如何修复它。

【问题讨论】：

标签： r mixed-models r-inla

【解决方案1】：

答案（来自 r-inla.help）：B 的级别不是 A 的子集（用于定义模型，B 为其复制）。所以你必须在层次上定义联合模型。

例如：

n <- 3 
A <- as.factor(letters[1:n]) 
B <- as.factor(letters[1+1:n]) 
y <- 1:n

这不起作用

inla(y ~ -1 + f(A) + f(B, copy = "A"), data = data.frame(A, B))

但这确实

values <- as.factor(unique(c(levels(A), levels(B)))) 
inla(y ~ -1 + f(A, values = values) + f(B, copy = "A"), 
data = list(A = A, B = B, values = values))

【讨论】：