运行 lmer() 混合模型时出现未知错误答案

【问题标题】：Unknown error when running lmer() mixed model运行 lmer() 混合模型时出现未知错误
【发布时间】：2021-10-04 08:39:34
【问题描述】：

我目前正在尝试使用 lme4 函数运行重复测量 anova。我的数据如下（显示前 6 个值，n=40）：

Core	Substrate	Treatment	O2
1	M&S	C	-0.40
1	S	C	-0.60
2	M&S	C	-0.41
2	S	C	-0.61
3	M&S	D	-0.25
3	S	D	-0.45

我想看看处理是否会对 O2 产生影响，以及这是否会因底物而异。我每个核心有 2 次测量，它们发生在不同的时间点，所以我想控制重复测量。为此，我使用了以下代码：

mixed.lmer1 <- lmer(O2 ~ Treatment*Substrate+(1|Core), data = data)
summary(mixed.lmer1)

然后我使用以下代码来测试是否有 sig。 Core 对模型的影响：

mixed.lmer2 <- lm(O2 ~ Treatment*Substrate, data = data)
summary(mixed.lmer2)
anova(mixed.lmer2,mixed.lmer1)

但是，当我运行第一个模型时，我收到以下警告：

Warning message:
In optwrap(optimizer, devfun, getStart(start, rho$pp), lower = rho$lower,  :
  convergence code -4 from nloptwrap

我只是想知道是否有人以前遇到过这种情况？我似乎无法在网上找到任何东西。我认为这是因为我过度拟合了数据，因为每个核心只有 2 个测量值。有没有办法解决这个问题？

谢谢！

【问题讨论】：

我以前也没有看过这条消息。我要做的第一件事是尝试使用不同的优化器来查看结果是否相似，同时避免任何警告。 :) 您可以通过在模型中添加例如 control = lmerControl(optimizer = "bobyqa") 来做到这一点。有关所有优化器，请参见 ?lmerControl。

标签： r lme4 anova

【解决方案1】：

tl;dr这是一条“因四舍五入而停止”消息，可能会发生这种情况，因为您的响应变量只有两位数精度？ p>

NLopt reference 表示 -4 表示

由于舍入错误限制了进度而暂停。（在这种情况下，优化通常仍会返回有用的结果。）

但是，期望您挖掘那么远并不合理（lme4 → nloptr（R 包/包装器）→ NLopt（C 库））。您可能可以通过打印fitted_model@optinfo$message 找到等效信息。

从nlopt（C/C++ 优化库）到nloptr（R 包装器）再到lme4（进一步包装nloptr::nlopt() 以使其与其他R 优化函数更兼容） , 消息丢失了。

在 GitHub 上的 nlopt 源代码中四处挖掘还发现 this list of status codes：负值表示潜在的收敛问题。

typedef enum {
    NLOPT_FAILURE = -1,         /* generic failure code */
    NLOPT_INVALID_ARGS = -2,
    NLOPT_OUT_OF_MEMORY = -3,
    NLOPT_ROUNDOFF_LIMITED = -4,
    NLOPT_FORCED_STOP = -5,
    NLOPT_SUCCESS = 1,          /* generic success code */
    NLOPT_STOPVAL_REACHED = 2,
    NLOPT_FTOL_REACHED = 3,
    NLOPT_XTOL_REACHED = 4,
    NLOPT_MAXEVAL_REACHED = 5,
    NLOPT_MAXTIME_REACHED = 6,
    NLOPT_NUM_RESULTS           /* not a result, just the number of them */
} nlopt_result;

【讨论】：