在简单的蛇形工作流程中使用 conda 环境答案

【问题标题】：using conda environments in simple snakemake workflows在简单的蛇形工作流程中使用 conda 环境
【发布时间】：2017-11-13 15:15:53
【问题描述】：

我想知道如何最好（或最简单）将蛇形与 conda 结合使用。我知道每个规则带有一个 yaml 文件的“--use-conda”选项。但是，对于一个简单的蛇形工作流程，我认为只需 (i) 激活一个现有的 conda 环境，(ii) 运行 snakemake 工作流程和 (iii) 再次停用环境。

这是一个简单的好策略还是首选解决方案？
我是否需要在所有相关的 conda 环境中包含 Snakemake 及其依赖项，还是应该全局安装 snakemake？
我可以参考现有的 conda 环境而不是提供 conda yaml 描述吗？

【问题讨论】：

您还可以从每个规则中引用相同的环境。最后，这总是有回报的，即使是简单的东西。特别是与 --archive 结合使用。
我和原始发帖人有同样的问题：我可以参考现有的 conda 环境而不是提供 conda yaml 描述吗？ 例如，conda: "conda activate myenv"
特别是，使用 conda_env yaml 规范不适用于需要注册的 GATK，我不想使用 GATK 4.0 包装器，而是使用 GATK 3.8。

标签： conda snakemake

【解决方案1】：

根据我在 Linux 环境 (Redhat // CentOS) 中的经验，设置启动 conda 环境的本地别名非常方便，在您登录时立即调用它，然后在该 conda 环境中工作并运行所有内容.

Works great with the Linux screen functionality.

为了运行大批量生产，我将使用一个屏幕（Linux），它会快速将现有环境（conda 环境因此已经加载）复制到一个新屏幕中。这样您就可以关闭窗口并仍然在其他地方工作。我发现从 5 个或更多不同的终端会话运行相同的 conda 环境（例如“source activate myCondaEvn-2017”）没有问题。

我总是使用 conda 来管理运行 Snakemake 的任何东西。但实际上我从来不需要在生产中使用 --conda 调用。可以嵌套 conda 环境，但是，为每个规则创建一个 conda 环境的成本（当我有 100 条规则时）成本太高。它确实允许我同时运行 Python 2 和 Python 3，但实际上我从未使用过需要它的软件。

【讨论】：